وی درسال 1998 در دوره نخست وزیری نواز شریف به‌عنوان ژنرالی و فرماندهی ستاد مشترک ارتش پاکستان رسید و یکسال پس از آن در کوتایی بدون خونریزی قدرت را در دست گرفت.
مشرف در سال 2001 خود را رئیس‌جمهور پاکستان خواند و در همه‌پرسی سال 2002 برای تمدید ریاست‌جمهوری پیروز شد.
وی پس از رخدادهای 11 سپتامبر 2001 به عنوان متحد کلیدی بوش در نبرد با تروریسم شناخته شد.
تلاش مشرف برای خلع قدرت از افتخار چودری رئیس دیوان عالی در ماه مارس 2007 موجب ایجاد یک بحران سیاسی شد و دامنه این بحران به بازگشت یکجانبه و دستگیری نوازشریف منجر شد که طی آن نواز شریف به عربستان بازگردانده شد. او در مارس 2013 دوباره به پاکستان بازگشت