1 . فرض اول آن است که ترور بوتو در ارتباط با ماموریت وی صورت گرفته است. از این منظر یکی از مهم‌ترین ماموریت‌های وی مقابله با رادیکالیسم در پاکستان بوده است و لذا گروه‌های رادیکال با علم به این مسئله، وی را ترور کردند. پس عامل قتل بوتو جریانی است که اصطلاحاً طالبانیسم خوانده می‌شود.
2. دومین فرض این است که اگر چه ممکن است مأموریت بوتو مهار رادیکالیسم و مقابله با آن در سطح منطقه بوده باشد، اما در بین رادیکال‌ها، القاعده هدف اصلی بوده است. طبق این فرضیه، بوتو قصد داشت بین القاعده عرب و طالبان محلی تفکیک قائل شود و علیه القاعده عرب وارد عمل شود. تحت این شرایط، نیروهای وفادار به القاعده عرب عامل ترور بوده‌اند.
3. در راستای فرضیه فوق، فرضیه سوم مطرح می‌شود و آن اینکه بوتو ماموریت داشته است با تمرکز سیاست‌هایش بر مبارزه با القاعده عرب، اسامه بن لادن را دستگیر و تحویل آمریکا دهد. این ماموریت باید قبل از انتخابات ریاست جمهوری آمریکا اتفاق می‌افتاد تا برگ برنده‌ای برای نومحافظه‌کاران باشد.
این فرضیه بر این اعتقاد است که بن لادن در منطقه قبایلی پاکستان مخفی است و در صورت همکاری پاکستان و آمریکا، دستگیری وی امکان‌پذیر است. تحت این شرایط باز هم القاعده مظنون اصلی ترور بوتو است.
4. فرضیه چهارم ترور بوتو را ادامه یک تضاد تاریخی بین بخشی از بدنه ارتش که به آرمان‌های ژنرال ضیاءالحق پایبندند و خانواده بوتو می‌دانند. طبق این فرضیه همان‌گونه که ژنرال ضیاء الحق علیه ذوالفقار علی بوتو دست به کودتا زد و وی را سرنگون کرد، پس از آن نیز طرفداران بوتو، ژنرال ضیا را سرنگون کردند.
در این روند انتقام‌گیری، اکنون نوبت طرفداران ضیا بود که انتقام بگیرند. اظهارات بوتو، هنگامی که در ماه اکتبر اولین توطئه ناکام ترور علیه وی اتفاق افتاد این فرضیه را تایید می‌کند. در آن هنگام بوتو طرفداران ژنرال ضیا در ارتش را متهم به توطئه ترور کرده بود.
5. فرضیه پنجم، گروه حاکم در پاکستان از جمله ژنرال مشرف را در این ترور سهیم می‌داند. بنیاد این فرضیه آن است که بر خلاف انتظار اولیه، بوتو از حمایت مردمی وسیعی برخوردار شده بود و در پرتو این حمایت مردمی می‌رفت تا بساط قدرت مشرف را با اتکا به پیروزی احتمالی‌اش در انتخابات آینده برچیند.
از منظر این فرضیه، ژنرال مشرف تحت فشارهای بوتو ناچار شد بین دو شغل نظامی یعنی فرماندهی ارتش و شغل سیاسی یعنی ریاست جمهوری یکی از برگزیند و با وجود این مهم هنوز هم بوتو راضی به ادامه کار ژنرال مشرف در سمت ریاست جمهوری نبود.
تمامی این فرضیه‌ها در یکجا با هم جمع می‌شوند و آن آمیزه‌ای از رادیکالیسم به همراه نقش ارتش است. از یکسو عملیات انتحاری بخشی از هویت نیروهای رادیکال است و از سوی دیگر این عملیات انتحاری توسط فردی صورت گرفته که ملبس به لباس پلیس بوده است.
به سختی می‌توان پذیرفت که بدون اطلاع پلیس چنین فردی به‌طور سرخود لباس پلیس بر تن کرده و توطئه را اجرا کرده است. آمیزه رادیکالیسم و ارتش در یکجا با هم جمع می‌شوند و آن سازمان امنیت و اطلاعات ارتش است که به اختصار آی.اس.آی نامیده می‌شود.
