از همان ابتدا به‌دلیل مغایرت این قانون با سایر قوانین در معیار پرداخت حقوق شهدا و جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی براساس قانون نظام هماهنگ یا قانون نیروهای مسلح ناهماهنگی ایجاد شد. البته به‌دلیل اینکه این پرداخت نیاز به تنفیذ مقام معظم رهبری داشت، ستاد کل نیروهای مسلح گردش کاری را با عنوان دستورالعمل نحوه اجرای قانون حالت اشتغال در تاریخ 74.6.19 به تصویب مقام معظم فرماندهی کل قوا رساند. در ماده6 این دستورالعمل مقرر شده است که حقوق و مزایای حالت اشتغال، بازنشستگی، وظیفه و مستمری، از تاریخ تصویب قانون حالت اشتغال (72.6.30) براساس احکام حقوقی که از سوی سازمان‌های ذی‌ربط نیروهای مسلح صادر می‌شود، توسط بنیاد شهید پرداخت شود.
نظر به اینکه حقوق شهدا از همان ابتدا و قبل از قانون حالت اشتغال با صدور احکام توسط سپاه و پرداخت آن توسط بنیاد شهید انجام می‌گرفت، پس از تصویب قانون حالت اشتغال این روند نیز ادامه پیدا کرد، لکن حقوق جانبازان با وجود قانون برقراری حقوق وظیفه که تا آن زمان پرداخت نشده بود با تصویب قانون حالت اشتغال و به‌مرور و با کندی آغاز شد. این پرداخت نکات قابل تأملی دارد که به آن اشاره خواهد شد:
1- جانبازان و آزادگان ازکارافتاده، قبل از تصویب قانون حالت اشتغال برابر قوانین مصوب باید از تاریخ مجروحیت از حقوق وظیفه برخوردار می‌شده‌اند که از این حق قانونی محروم مانده‌اند و پس از آن هم اقدامی برای تحقق حقوقی قانونی آنان صورت نگرفته است.
2- برقراری حقوق حالت اشتغال برای جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی به‌دلیل صدور تدریجی احکام ازکارافتادگی آنان توسط کمیسیون پزشکی بنیاد، با تأخیر چندساله پرداخت شده است و مراجعه جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی برای صدور رأی با گذشت حدود 20سال از تاریخ تصویب قانون حالت اشتغال، همچنان ادامه دارد.
3- باتوجه به تبصره یک قانون حالت اشتغال که برقراری حقوق شهدا و جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی را منوط به تنفیذ مقام معظم رهبری می‌داند و گردش‌کار دستورالعمل نحوه پرداخت حقوق حالت اشتغال که به تصویب فرماندهی معظم کل قوا رسیده، پرداخت این حقوق را براساس احکام حقوقی نیروهای مسلح می‌داند، چگونه است که از یک قانون و گردش‌کار مصوب2 برداشت مختلف صورت می‌گیرد و حقوق جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی براساس احکام حقوقی نیروهای مسلح پرداخت نمی‌شود؟
4- جانبازان و آزادگان صبورانه صدور تدریجی احکام ازکارافتادگی خود را پذیرفتند، لکن نمی‌دانستند که مجلس با ارائه اطلاعات غلط معاونت حقوقی و امور مجلس بنیاد، حق مسلم آنان را درخصوص مطالبات قانونی حالت اشتغال از ابتدای تصویب قانون نادیده می‌گیرد و با اصلاح قانون در بودجه سال 90 و 91 مطالبات آنان را تضییع می‌کند. اصلاحیه مجلس درباره تعیین میزان مطالبات جانبازان و آزادگان از تاریخ تشخیص کمیسیون پزشکی و نه از تاریخ تصویب قانون، تضییع حق آشکاری است که با گردش‌کار مصوب فرماندهی کل قوا که حقوق و مزایای حالت اشتغال ایثارگران را از تاریخ تصویب قانون حالت اشتغال می‌داند، مغایر است. البته مجلس به این اشتباه پی‌برد و در بودجه سال92 ابتدا نسبت به اصلاح اشتباهات خود در بند66 بودجه92 اقدام کرد، لکن پس از برگشت دوباره لایحه بودجه جهت تأمین نظر شورای نگهبان نسبت به حذف بند66 از بودجه92 اقدام کرد و بر ادامه روند تضییع حق جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی مهر تأیید زد.
5- نیروهای مسلح تابع سیاست‌های ستاد کل هستند. وقتی آن ستاد سیاست‌ها را ابلاغ می‌کند لازم‌الاجراست. با عنایت به اینکه سیاست‌های پرداخت قانون حالت اشتغال به تصویب مقام معظم رهبری رسیده و به‌طور رسمی ابلاغ شده ، مجلس باید هماهنگ با آن سیاست نسبت به تصویب قوانین اقدام کند، لذا اصلاح مجدد تبصره 5 قانون حالت اشتغال و احقاق مطالبات قانونی جانبازان و آزادگان ازکارافتاده کلی مورد انتظار است.
در تبصره ماده 38 بر پرداخت حقوق وظیفه جانبازان غیرحالت اشتغال برابر قوانین نیروهای مسلح تأکید شده است. جانبازان و آزادگانی که براساس آرای کمیسیون پزشکی ازکارافتاده کلی شناخته نشوند ولی ازکارافتادگی آنان براساس بند ب و ج قوانین نیروهای مسلح تأیید شود، مشمول دریافت حقوق وظیفه خواهند بود.
