گروه‌های عمدتا القاعده‌ای که در سال‌های اخیر به دلایل مختلف در سرزمین‌های خشک و سخت صحرای مالی مستقر شده‌اند، با ترکیب و خاستگاه‌های متنوع، تقریبا همگی بر تلاش برای استقرار قرائتی طالبانی از اسلام در این مناطق اتفاق نظر دارند. در این میان اصلی‌ترین گروه و قدیمی‌ترین آنها «القاعده مغرب اسلامی» است. این گروه که تحت رهبری عبدالمالک دروکدال ملقب به «ابو مصعب عبدالودود» قرار دارد به‌دنبال جنگ داخلی دهه1990 در الجزایر متولد شده است و رهبران اصلی آن درس‌های خود را در متن گروه‌های اسلامی مسلح الجزایر یادگرفته و بعد از انشعاب در سال1998، گروه سلفی «دعوت و مبارزه» را تشکیل داده‌اند. گروه اخیر در سال2006 با اسامه‌بن‌لادن و ایمن الظواهری اعلام همبستگی کرد و به این ترتیب القاعده مغرب اسلامی متولد شد. رهبر القاعده مغرب اسلامی روابط پیچیده و گسترده‌ای با طوارق و اعراب منطقه دارد. این سازمان هدف خود را آزادی مغرب اسلامی از زیر یوغ غرب و مشخصا فرانسه و آمریکا و تاسیس کشوری بزرگ بر پایه شریعت اسلامی ذکر کرده است. عناصر القاعده در شمال مالی برای تشکیل امارت صحرا می‌جنگند که براساس تقسیم بندی اداری القاعده‌ای، نهمین منطقه در کشورهای مغرب اسلامی است که مناطقی از کشورهای مالی، نیجر، نیجریه، لیبی و چاد را در بر می‌گیرد. امارت صحرا تحت هدایت امیر صحرا قرار دارد که امروزه در هیأت یحیی ابوالهمام متجلی است. این یکی خودش دو کتیبه و سریه را تحت کنترل دارد.
کتیبه‌ها شامل «طارق بن زیاد» به فرماندهی عبدالحمید ابو زید (کسی که گروگان‌های فرانسوی را در اختیار دارد) و «الملثمین» به فرماندهی مختار بالمختار است. بالمختار با نام اصلی خالد ابوالعباس یک الجزایری است که بعد از رهبری «الملثمین» کتیبه «الموقعون بالدماء» (امضا‌کنندگان با خون) را راه‌اندازی کرد که مسئولیت گروگانگیری اخیر در تاسیسات گازی الجزایر را به‌عهده گرفته است. سریه‌ها نیز به نام‌های سریه‌الفرقان و سریه‌الانصار شناخته می‌شوند. کتیبه طارق و سریه‌الفرقان امروزه کنترل شهر تاریخی تومبوکتو را در اختیار دارند و به همراه اعضای انصارالدین در متن ویران‌سازی برخی آثار تمدن اسلامی در این شهر هستند. برخی منابع شمار گروه‌های زیرمجموعه القاعده مغرب اسلامی را تا 70گروه تخمین زده‌اند. این گروه‌ها در عین رقابت داخلی بعد از مرگ بن‌لادن، جنگ لیبی و باج‌گیری‌های اخیر در پی گروگانگیری، قدرت و تجهیزات بهتر و بیشتر و هویت مستقل‌تری پیدا کرده‌اند. این گروه عمدتا از عناصر جهادی الجزایری تشکیل شده است اما در آن جنگاورانی از کشورهای دیگر نیز حضور دارند و دامنه فعالیت آن از لیبی تا نیجر و بورکینافاسو و مالی تا موریتانی گسترده است. این گروه به‌طور اخص از سال2003 در زمینه گروگانگیری به شکل تخصصی عمل می‌کند و گروگان گرفتن 32تبعه آلمان، اتریش و سوئیس از آن جمله است که با پنج میلیون یورو معاوضه شدند.
جنبش فعال دیگر، انصارالدین است که تحت هدایت ایادالغالی از رهبران سابق جنبش‌های طوارق در شمال مالی است که در گذشته کنسول مالی در جده نیز بوده و افکار سلفی را از آنجا با خود به ارمغان آورده است. این جنبش عمدتا از شورشیان طوارق سابق و اعضای قبایل شمال مالی تشکیل شده است و برخلاف جنبش اصلی طوارق (جنبش ملی آزادیبخش آزواد)، هم‌پیمان القاعده در شمال مالی محسوب می‌شود. این جنبش با استفاده از جنگ لیبی، بخشی از طوارق طرفدار قذافی را که در «بریگاد آفریقایی» وی می‌جنگیدند به همراه سلاح و تجهیزات به‌خود ملحق کرد تا امروز یکی از مجهزترین گروه‌های جهادی شمال مالی با حدود سه هزار جنگجو باشد.
جنبش مهم القاعده‌ای دیگر در شمال مالی «توحید و جهاد در غرب آفریقا» (موجائو) است که تحت رهبری محمد ولد نویمر قرار دارد و اکنون کنترل سومین شهر بزرگ مالی به نام گائو (غاو) را دراختیار دارد. این جنبش نیز کتیبه‌ها و سریه‌های متعدد دارد و از منابع مالی زیادی بهره‌مند است؛ بالاخص از زمانی که کارکنان هلال‌احمر قطر در این شهر مشاهده شده‌اند، اخباری مبنی بر حمایت‌های مالی قطر از این جنبش به گوش رسیده و حتی در یک مورد فرانسه نیز دوحه را به پشتیبانی از این گروه متهم کرده است. این جنبش عمدتا از عناصر موریتانیایی، مالیایی و نیجری و امروز برخی عناصر گروه بوکو حرام نیجریه تشکیل شده و بعد از یک دوره فعالیت علیه اهدافی در موریتانی، امروز در شمال مالی متمرکز شده است. یک کتیبه مهم دیگر فعال در شمال مالی با نام انصار الشریعه شناخته می‌شود که تحت هدایت عمار ولد حماها قرار دارد که انشعابی از جنبش توحید و جهاد است.
زمانی که قذافی پیش‌بینی کرد که درصورت سرنگون‌شدن وی شاهد انتشار گروه‌های القاعده‌ای در منطقه خواهیم بود، کمتر فردی این سخن دیکتاتور سابق لیبی را جدی گرفت. از این لحاظ آنچه امروز به‌عنوان خطر القاعده در آفریقا مطرح می‌شود تا اندازه زیادی معلول مداخله نظامی غرب در لیبی است. به‌نظر می‌رسد بعد از مداخله نافرجام غرب و آمریکا در افغانستان برای پاکسازی طالبان- که امروز 70درصد خاک افغانستان را در کنترل دارد- مداخله‌های نظامی لیبی و مالی هر‌یک به نوبه‌خود در مک‌دونالدی‌شدن گروه‌های القاعده‌ای در اقصی نقاط جهان نقشی تعیین‌کننده داشته و خیال ابرقدرت‌ها دست‌کم تا سالیانی چند از داشتن دشمن در این مناطق مستعد برای نفوذ و غنی برای بهره‌برداری اقتصادی راحت شده است.
