در سده‌های جدید پس از شکست ایران در دو جنگ از روسیه و بسته شدن عهدنامه‌های گلستان و ترکمانچای، نفوذ روسیه در ایران افزایش یافت که باعث اهمیت منطقه افغانستان در معادلات سیاسی شد و دولت انگلیس نیز درصدد توسعه نفوذ استعماری خود در کابل، قندهار، هرات، بخارا، پنجاب، سند و بلوچستان بود که با منافع دولت روسیه و ایران هماهنگی نداشت. در این بین ادامه و افزایش نفوذ ایران دراین منطقه و حاکمیت ایران برای دولت انگلیس هم قابل‌پذیرش نبود، در نتیجه با معاهده پاریس درسال1857میلادی افغانستان کنونی از ایران جدا شد.
چندی پس از آن، این منطقه زیر سلطهٔ بریتانیا درآمد و تا زمان اعلان استقلال آن توسط امان‌الله خان در سال ۱۲۹۸ سیاست خارجی افغانستان زیر نظر مستقیم انگلستان بود. با آغاز پادشاهی امان‌الله شاه در سال ۱۳۰۲ ایران حکومت افغانستان را به رسمیت شناخت و روابط خوبی بین دو همسایه برقرار شد. در این دوران دو کشور با عضویت در پیمان‌هایی نظیر سعدآباد، عضویت و رویکرد مشابهی در مدرن‌سازی در پیش گرفته بودند. در این بین هم ایران می‌کوشید تا با نگاهی جدی به افزایش نقش خویش در افغانستان بپردازد.
در سال ١٣۴٠ دولت ایران آمادگی خود را برای میانجی‌گری میان دو کشور افغانستان و پاکستان و رفع اختلافات در مناقشه پشتونستان، اعلام کرد. در این راستا در خردادماه ١٣۴٢، در مذاکراتی میان وزیران خارجه سه کشور اعلامیه مشترکی منتشر شد که طی آن افغانستان و پاکستان اقدام به برقراری مجدد روابط دیپلماتیک خود کردند. در این بین ایران موفق شد تا به نوعی به افزایش نقش خویش در منطقه بپردازد. در ادامه روابط دو کشور در دوران صدارت موسی شفیق، وی درصدد برآمد که اقدام به دریافت کمک‌های اقتصادی از ایران کند. در این بین مسئله اختلافات بر سر رود هیرمند نیز مورد توجه دو دولت همسایه نیز بود. در این زمان شفیق برای حل اختلاف با ایران بر سر چگونگی تقسیم آب رودخانه هیرمند راهی تهران شد و در بهمن ١٣۵١ قرارداد تقسیم آب هیرمند را با امیر عباس هویدا، نخست‌وزیر ایران منعقد کرد. در این میان باید به یاد داشت که سیاست خارجی ایران برای نفوذ و جذب افغانستان به‌سوی خود امتیازات زیادی به کابل داد و در این قرارداد با چشم‌پوشی از سهم یک سوم و یک دوم به سهم یک پنجم آب هیرمند راضی شد، هرچند همین نیز با مخالفت‌های زیادی از سوی برخی محافل در افغانستان روبه‌رو بود.
سردار محمدداوودخان با یاری نظامیان طرفدار وی در ٢٦ تیر ١٣۵٢ دست به کودتا زد و شفیق را به قتل رساند و در این راستا با خلع ظاهرشاه و اعلام جمهوری روند نزدیکی افغانستان به ایران تا حدی با مشکل روبه‌رو شد و سیاست خارجی کابل به شوروی متمایل شد. سپس داوودخان به‌تدریج در اندیشه گسترش روابط با ایران برآمد و از حدود سال١٣۵۴ اقداماتی را در جهت بهبود روابط با ایران مد نظر قرارداد به‌طوری که وی به تهران آمد و روند نزدیکی دو کشور دوباره آغاز و کمیسیون همکاری‌های اقتصادی ایران و افغانستان تشکیل شد که به برنامه‌ریزی‌های عمرانی در افغانستان پرداخت. در ادامه این روند در اردیبهشت ١٣۵٦ دولت کابل در موافقت‌نامه‌ای که با دولت ایران منعقد کرد وامی به مبلغ ٣٠٠ میلیون دلار از ایران گرفت که وعده تداوم کمک‌ها تا مرز ٢ میلیارد دلار در سال‌های آینده را نوید می‌داد.
با کودتای مارکسیست‌ها دراردیبهشت ١٣۵٧ به رهبری نورمحمد تره‌کی از جناح خلق نظامی، نظام مارکسیستی و طرفدار شوروی بر افغانستان مستقرشد که مسلما با تهران که متحد اصلی غرب در منطقه ودشمن شوروی بود تضادی اساسی داشت و این پیش روی شوروی‌ها تا پشت مرزهای ایران و برقراری حکومت مارکسیستی در کابل موجب نگرانی و سردرگمی شاه ایران شد و واکنش ایران پس از به رسمیت شناختن این رژیم، تنزل یکجانبه روابط به سطح کاردار بود. با انقلاب اسلامی در ایران دولت افغانستان موضع همدلانه نسبت به انقلاب ایران گرفت و از سرنگونی شاه اعلام پشتیبانی کرد. پس از این ایران به‌طور رسمی از سنتو خارج شد و در اجلاس غیرمتعهدها در هاوانا (کوبا) شرکت و به‌عضویت گروه غیرمتعهدها در آمد با این حال روابط تهران و کابل به دلایل ایدئولوژیک چندان به سامان نبود، همچنین نفوذ ایران به دلایل مشکلات داخلی در افغانستان رو به کاهش گذاشت هر چند انگیزه مخالفان کمونیست‌ها را در افغانستان بالا برد، افغانستان در این سال‌ها شاهد تضادها و کشمکش‌های پرشماری بود و دولت تره‌کی سرنگون و حفیظ‌الله امین قدرت را در دست گرفت.
در این حال تندروی‌های دولت وی سبب تقویت و گسترش جنبش‌های مقاومت اسلامی ضد‌مارکسیستی شد و در این کشمکش شوروی‌ها با اشغال افغانستان در دی ١٣۵٨ زمام امور را به ببرک کارمل، رهبر جناح پرچم سپرد. در این بین تضادهای بنیادی در نگاه تهران و کابل و سلطه شوروی براین کشور باعث شد تا ایران دست به حمایت از مقاومت اسلامی در این کشور بزند، این روند تا سقوط و خروج شوروی از افغانستان و سقوط کابل به دست مجاهدین تداوم یافت. در دوره حکومت مجاهدین نیز ایران با حمایت و به رسمیت شناختن آنان تلاش کرد تا به نوعی مشکلات در بین گروههای افغانی کاهش یابد. در این دوره بازیگران سیاست خارجی ایران که از یک طرف در بعد مسائل داخلی، از حزب وحدت و شورای خارجی جانبداری و حمایت می‌کرد، از طرف دیگر هم حامی دولت هم زبان خود در کابل بود و دولت ربانی را به رسمیت شناخته بود و کمک‌هایی را نیز در اختیار این دولت می‌گذاشت. با ظهور و روی کار آمدن طالبان در افغانستان، سیاست خارجی ایران وارد مرحله جدیدی شد. در این‌دوره هر چند ایران نقش فعالی را ایفا کرد اما در مقابل نقش پاکستان مغلوب شد و پاکستان حمایت از طالبان را در پیش گرفت. در این دوره ایران حامی اصلی نیروهای مخالف طالبان و ائتلاف شمال محسوب می‌شد در حالی‌که طالبان مشکلات زیادی را از جمله قتل دیپلمات‌های ایرانی را از سر گذراند. در این بین باید یادآوری کرد که گروه طالبان در حال تبدیل به تهدیدی ضد‌امنیتی برای تهران نیز شده بود.
سقوط طالبان و همکاری اتحاد شمال موجب ایجاد فرصت‌های جدیدی برای ایران در افغانستان شد. در این میان ایران با شرکت در نشست‌های سازمان ملل در ژنو، بن و لویی‌جرگه اضطراری، به نقش فعال‌تر خود تداوم بخشید و از روند نوین تحولات دولت‌سازی افغانستان پشتیبانی کرد. همچنین ایران در بازسازی افغانستان مشارکت زیاد و نسبتا فعالی داشت که شامل شرکت در عملیات جاده‌سازی و برق رسانی به غرب و شمال غرب افغانستان، فعال کردن مسیر ترانزیت کالا به افغانستان از طریق بندر چابهار، ساخت بیمارستان، آموزش و تجهیز نیروهای پلیس شهری، سواد آموزی کودکان، 600 میلیون دلار کمک بلاعوض برای بازسازی افغانستان به این کشور و...بود. در این بین باید به یاد داشت این نقش ایران در کنار انتقادهای بسیاری از تداوم حضور آمریکا و متحدان در افغانستان ادامه داشته است. در این راستا حمایت از برنامه‌های دولت جدید افغانستان، صلح و ثبات، تأمین ارضی، حکومت متعادل و موازنه قدرت بین گروههای قومی، روابط دوستانه و همکاری‌های اقتصادی از اهداف ایران در افغانستان بوده است و اکنون نیز روابط دو کشور با وجود پاره‌ای از اختلافات برسر مسائلی نظیر چگونگی نگاه به حضور ناتو در افغانستان، مسئله مهاجرین افغان در ایران و.... از سطحی عالی برخوردار است به‌طوری که می‌توان دامنه همکاری چند بعدی را بین دو کشور از جمله دیدار‌های منظم مقامات دو کشور، همکاری در قالب کشور‌های فارسی زبان و... را بین دو کشور مشاهده کرد.
در واقع به دلایل اشتراکات فرهنگی، نژادی، زبانی، تاریخی و مذهبی، ایران دارای بیشترین و بهترین زمینه‌های روابط و همکاری با افغانستان است. در این بین باید به یاد آورد که روابط دو کشور از گستردگی و تنوع کافی با توجه به پتانسیل‌های گوناگون برخوردار نبوده است. در این بین فرصت‌های بسیار و چندگانه و گوناگونی ناشی از بازسازی افغانستان برای ایران در افغانستان وجود داشته که درصورت نگاه ژرف‌تر می‌توان از آن به نفع منافع ملی کشور و تقویت نفوذ منطقه‌ای و قدرت اقتصادی بهره گرفت.
چالش‌های همکاری فزاینده
مشکلات چندی در راستای گسترش روابط میان افغانستان و ایران وجود دارد که برخی از آنان مشکلات امنیتی است. در این بین می‌توان گفت که تحولات سیاسی، اجتماعی، اقتصادی و فرهنگی در افغانستان مسلما بر امنیت ملی ایران تأثیر مستقیم و غیرمستقیم بر جای خواهد گذاشت. علت آن است که افغانستان در حوزه فرهنگی ـ تمدنی ایران قرار دارد و دو کشور مرزهای گسترده‌ای با هم دارند که مسلما افزایش بی‌ثباتی و هرج و مرج داخلی در افغانستان و افزایش و تداوم روند انتقال مواد‌مخدر به ایران عامل اصلی مشکلات در مرزهای دو کشور و انتقال آن به ایران است. گذشته از آن از چالش قومی - اجتماعی نیز به‌عنوان یکی از موانع همکاری دو کشور می‌توان یاد کرد. در این بین برخی از پشتون‌ها برقراری و افزایش نفوذ فرهنگی، اقتصادی و سیاسی ایران را در افغانستان مغایر منافع خود می‌دانند. سوای آن می‌توان به چالش‌های ناشی از ضعف حکومت مرکزی افغانستان، چالش‌های اقتصادی و اختلاف درنگاه به حضور ناتو در افغانستان نیز اشاره کرد. دوستی ایران و افغانستان می‌تواند در درازمدت راهگشای بسیاری از مشکلات کنونی باشد.
