وی پس از دوران نخست‌وزیری و از سال1368 به‌مدت 8سال به‌عنوان مشاور سیاسی رئیس‌جمهوری به فعالیت پرداخت. از سال1376 نیز تا سال1384 به‌عنوان مشاور عالی رئیس‌جمهوری مشغول به کار بود.
تجربه شوراها نیز در دوران مشاورت وی رخ داد.تردیدی نیست که میر حسین موسوی توانسته است با تجربه‌ای بسیار، معایب و مزایای مدیریت شهری و معضلات زیست‌محیطی را شناسایی کند. در دوران نخست‌وزیری وی به‌دلیل وقوع جنگ تحمیلی توجهی در عرصه عملی به مدیریت شهری ومحیط زیست نشد.
البته از 8 سال دوره نخست‌وزیری میرحسین موسوی خاطره زیست‌محیطی مشخصی در ذهن کسی باقی نمانده است. باتوجه به دوران پرالتهاب جنگ، این موضوع شاید قدری منطقی باشد.
اما در میان 4 نامزد کنونی ریاست‌جمهوری، میرحسین موسوی کسی است که با راه‌اندازی کمیته محیط‌زیست بیشترین تلاش را برای جلب آرای طرفداران محیط زیست داشته است. این تلاش در بیانیه او نیز نمود دارد.
میر حسین موسوی در مقام نامزد ریاست‌جمهوری در بیانیه‌ای دیدگاه خود را در مورد حقوق شهروندی و محیط‌زیست این‌گونه اعلام کرده است:
«تضمین حقوق بشر و آزادی، یکی از آرمان‌های اصلی انقلاب مشروطه و انقلاب شکوهمند مردم ایران در سال1357 بوده است.
در طول تاریخ همواره مردمان صالح منادی حقوق بشر و آزادی بوده‌اند و سرآمد همه آن صالحان و پاکان که زندگی خود را وقف تضمین آزادی و کرامت بشر کرده‌اند، پیامبران، با قامتی افراشته و ندایی دلنشین و پرطنین، تأثیری ماندگار و فراگیر داشته‌اند.
انقلاب مردم ایران که مرحله‌ای مهم از حرکت آزادی‌خواهانۀ ساکنان این مرز و بوم کهن است از جمله حرکت‌هایی است که با اتکا به تعالیم معنوی دین، راه خود را باز کرد و پیش رفت.»
در بخش دیگری از بیانیه موسوی آمده است:
«رئیس‌جمهوری براساس سوگندی که یاد می‌کند، از جمله وظیفه دارد از آزادی و حرمت اشخاص و حقوق ملت حمایت کند، پاسخگو باشد و از خود‌کامگی بپرهیزد و قدرتی را که ملت به‌عنوان امانتی مقدس به او سپرده، همچون امینی پارسا و فداکار به کار برد.
من بر این اساس و بنا بر اختیار و تمایل قلبی خود، پیشا‌پیش با مردم پیمان می‌بندم که چنانچه برای تصدی مقام خطیر ریاست‌جمهوری مورد اعتماد و حمایت اکثریت قرار گیرم:
- استقرار حکومت قانون را به‌عنوان شرط لازم تحقق حقوق بشر و حقوق شهروندی، یکی از اهداف اصلی خود قرار دهم و اصلاحات حقوقی لازم را به عمل آورم تا قانون توسط همه مقامات و سازمان‌های حکومتی مورد رعایت قرار گیرد، از قانون استفاده ابزاری نشود و قانون براساس تفسیر‌هایی سازگار با موازین حقوق بشری به اجرا درآید.
- از طریق ایجاد نهادهای مناسب، شرایطی فراهم آورم تا قانون وسیله اعمال خشونت‌های ناروا و موهن قرار نگیرد، خشونت و بی‌عدالتی و تبعیض، قانونی نشود و موازین حقوق بشری و وجدان جمعی جامعه در کنار آموزه‌های معنوی اسلام در وضع مقررات و تهیه لوایح مد‌نظر قرار گیرد.
- حریم خصوصی افراد را محترم شمارم، آزادی بیان و اجتماعات را مورد حمایت قرار دهم، از طریق توسعه و تقویت جامعه مدنی و با برگزاری انتخابات رقابتی، آزاد و منصفانه و همچنین با حمایت از مطبوعات و رسانه‌های مستقل و با جلوگیری از سانسور، حق دسترسی آزاد به اطلاعات و حق مردم بر تعیین سرنوشت خویش و حق نظارت و مشارکت سیاسی را تضمین کنم.»
این نامزد انتخابات ریاست‌جمهوری در بیانیه خود صراحتا بر فعالیت شوراها تاکید می‌کند و می‌افزاید:« در توسعه و تقویت شوراها بکوشم، در امور روستا خود را از روستایی داناتر ندانم و امور شهر را به مردم شهر واگذارم. مدیریت محلی را تقویت کنم.»
بخش دیگر این بیانیه نوعی پاسخ به برخی مشکلات اجتماعی و شهرنشینی است:
« با اقلیت سیاسی و با رقبا و مخالفان خود منصفانه رفتار کنم و حقوق آنها را برای رقابت و یا مخالفت محترم شمارم. هیچ فردی را شهروند دست دوم تلقی نکنم.
- با پی‌ریزی درست نظام اقتصادی، با ایجاد امنیت اقتصادی و با گسترش و تقویت بازار رقابتی، زمینه تأمین نیازهای اساسی: غذا، مسکن، بهداشت و درمان، آموزش‌وپرورش و اشتغال را فراهم آورم. با فساد اداری و مالی مبارزه کنم.
- حمایت‌های تأمین اجتماعی را گسترش داده و تقویت کنم به‌نحوی که همه افراد مردم، به‌ویژه زنان، کودکان، روستاییان، کشاورزان، کارگران و سالمندان را به نحو مطلوب پوشش دهد.
- زمینه ابراز شادی در جامعه را فراهم کنم و برای تقویت و ارتقای امید به زندگی و نشاط اجتماعی بکوشم و اخلاق حسنه را محفوظ دارم.به سنن ملی احترام گذارم و از آثار باستانی و میراث فرهنگی به نحو شایسته محافظت کنم.»
شاید یکی از مهم‌ترین بخش‌های بیانیه موسوی تاکید بر ایجاد حکومت‌های محلی باشد. وی در این باره در بیانیه‌‌اش آورده است:
حقوق اقوام را به رسمیت شناسم و براساس الگوی مدیریت غیرمتمرکز، اقوام را در اداره امور خود سهیم کنم.تاکید وی بر حفظ محیط‌زیست نیز از جمله مواردی است که موسوی را به‌عنوان یک نامزد انتخاباتی سبز معرفی می‌کند:
برخورداری از محیط‌زیست سالم را حق بشر و از جمله حقوق شهروندی به شمار آورم، روند رو به گسترش تخریب محیط‌زیست را متوقف سازم و با جلب مشارکت عمومی از محیط‌زیست حفاظت کنم.
