نصر سمرقند را پایتخت خویش قرار داد و با داد و دهِش بسیار حکومت کرد و غارتگران و راهزنان را از گوشه و کنار بر انداخت. در آن زمانی که احمد پسر اسد جان می‌داد، پسر دیگری داشت به نام اسماعیل، که تازه 16 ساله شده بود و با این وجود در دانش و دلاوری سرآمد مردمان بود.
نصر پس از پدر سرپرستی او را بر عهده گرفت و با دقت و بزرگواری بسیار او را پرورد و بعدها به حکومت بخارا منصوبش کرد.اسماعیل وقتی در میان استقبال پرشور مردم به بخارا رسید، شرایط را آشفته دید. خوارج به تازگی شهر را غارت کرده بودند و به‌دنبال کشتار ایشان، خودِ مردم شهر هم گروه گروه شده و به جان هم افتاده بودند.
اسماعیل تمام بزرگان شهر را جایی گرد آورد و همه را با احترام به مدت یک سال به سمرقند تبعید کرد تا دیگر نتوانند هواداران خود را بر ضد هم بشورانند. به این ترتیب کشت و کشتار میان مردم خاتمه یافت. اسماعیل، با وجود درایتی که داشت و محبوبیتی که در بخارا یافته بود، نتوانست به تعهدات مالی خود نسبت به برادرش وفا کند و برایش خراجِ مرسوم را بفرستد.
این از سویی به‌دلیل آشفتگی شرایط شهر بود و از سوی دیگر به‌دلیل کم بودن بار مزارع و فقر مردم؛ به‌طوری که اسماعیل از گردآوری مال خودداری کرد.
اما حسودان در سمرقند در گوش برادرش خواندند و او را به سرکشی و اعلام استقلال متهم کردند. نصرکه مردی تندخو و جنگاور بود، وقتی نسبت به برادر بدگمان شد، به سوی بخارا لشکر کشید. اسماعیل که قصد نداشت با برادر بزرگتر خود بجنگد و از سوی دیگر احتمال می‌داد با تسلیم کردن خودش از مناصب خویش برکنار یا زندانی شود، با سپاهش از بخارا عقب نشست و به نصر اجازه داد تا شهری را که خراجگزارش بود بازدید کند.
نصر پس از دیدن شهر و رایزنی با سرداران محلی با برادر آشتی کرد و بازگشت. اما سال بعد این ماجرا تکرار شد و این بار هم به بهانه این که اسماعیل سرخودانه با یکی از شورشیان بر ضد خلیفه صلح کرده بود و در مقابل خوارزم را به ملک سامانیان افزوده بود، بین دو برادر فتنه برخاست.
بار دیگر نصر در پیشاپیش لشکری بزرگ به سوی بخارا تاخت، و این بار اسماعیل در موقعیتی بود که نمی‌توانست بدون از میان رفتن اعتبارش از جلوی برادر عقب بکشد.به همین دلیل بود که در صبحگاهی در سال 275 هجری، 2 برادر در برابر دروازه‌های بخارا رویاروی هم صف آراستند و با هم جنگیدند.
هر دو سوی از خراسانیان و خوارزمیانِ جنگاور بودند و نبرد مدتی به طول انجامید، تا آن که لشکریان نصر شکست یافتند و خودِ نصر، اسیر شد.وقتی نصرِ اسیر را به نزد برادر کوچکترش بردند، اسماعیل از اسب خود پیاده شد و رکاب او را بوسید و دستش را گشود و تاج خویش را بر سر او گذاشت.
نصر که ملایم‌ترین برخورد را برکناری و عزل خویش می‌دید، به همراه سایر سرداران از این حرکت او شگفت‌زده شد. به این ترتیب دو برادر بار دیگر با هم آشتی کردند. نصر در همان روز، وقتی بار دیگر حکومت بخارا و سایر شهرها را به دست گرفت، اعلام کرد که جانشینش اسماعیل خواهد بود.
بعد، نصر به سمرقند بازگشت و اسماعیل را در بخارا بر جای نهاد. اسماعیل همان شاهی است که حکومت سامانیان را تا کل قلمرو ایران زمین بسط داد و از غرب تا ری و همدان و از جنوب تا خلیج فارس را زیر نگین حکومت خود گرفت. برای فهمِ دلیلِ استواری و عظمت حکومت اسماعیل، بد نیست به رفتار دیگری از او نیز اشاره کنیم.
زمانی که در بخارا حاکم بود، دو هزار تن از راهزنان به شهر حمله بردند. اسماعیل با ایشان جنگید و شکستشان داد. آنگاه 70 تن از آنان را که اسیر شده بودند، مورد پرسش قرار داد. وقتی دریافت آنها به‌دلیل فقر و از میان رفتن زمین های کشاورزی‌شان به دزدی روی آورده‌اند، به هریک لباسی بخشید و آزادشان کرد تا به سر زمین‌هایشان باز گردند.
او با این مهربانی با مردم و سختگیری نسبت به زیردستانش بود که عادلانه‌ترین حکومتِ دوران خود را در ایران زمین برقرار داشت.
