موافقان این همکاری اساسا ورود به همکاری راهبردی هسته‌ای با آمریکا را به‌سود منافع ملی هند ارزیابی می‌کردند، حال آن‌که مخالفان این همکاری مابه‌ازایی را که هند باید در قبال این همکاری می‌پرداخت، خسرانی بزرگ برای استقلال و منافع ملی هند می‌دانستند.
این بحث‌ها به‌ویژه در فاصله‌ای که قرار بود کنگره آمریکا خود را از طریق تصویب این توافقنامه اعلام دارد، بسیار تند و شدید ادامه داشت.
با این حال انتظار می‌رفت پس از امضا و تأیید نهایی این توافقنامه، از موج مخالفت‌ها در هندوستان کاسته شود و همکاری هسته‌ای هند و آمریکا، خوب یا بد، جنبه اجرایی به خود گیرد.
لزوم تصویب این توافقنامه در پارلمان هند گلوگاهی بود که مخالفان امید داشتند از نهایی شدن این توافقنامه جلوگیری کنند. جوهره استدلالی مخالفان که طیفی از افکار عمومی هند تا جامعه هسته‌ای هند را شامل می‌شود به این قرار است.
آمریکا طرحی را به هند تحمیل کرده است که به‌موجب آن دهلی‌نو باید بین تأسیسات هسته‌ای نظامی و غیرنظامی خود تفکیک قائل شود و پس از آن تأسیسات هسته‌ای غیرنظامی هند زیر نظر آژانس بین‌المللی انرژی هسته‌ای و همچنین آمریکایی‌ها قرار گیرد.
از آنجا که اغلب راکتورهای هسته‌ای هند به‌ویژه راکتورهای نوع FBR کارکردی 2منظوره دارند، تفکیک آنها کاری دشوار و قرار دادن آن تحت نظر آژانس کاری دشوارتر است.
زیرا در این صورت، دولت هند با دست خود اسرار و دستاوردهای هسته‌ای‌اش را یکجا در اختیار آمریکایی‌ها قرار داده است.
از دید مخالفان همین یک اشکال کافی است تا دولت حزب کنگره در تصمیم خود تجدیدنظر کند. زیرا تحت این شرایط استقلال ملی، منافع ملی و مصالح راهبردی هند که همگی با توانایی هسته‌ای این کشور پیوند خورده است، تحت تأثیر قرار گیرد.
با این وجود مخالفان معتقدند هنوز خیزهای زیاد دیگری وجود دارد که حزب کنگره به‌ویژه دفتر نخست‌وزیر از افکار عمومی هند پنهان کرده است و لذا آنها شدیداً مصر هستند که دولت هند در این‌باره به افکار عمومی توضیح دهد.
به‌عنوان مثال از دید مخالفان، دولت آمریکا از هند خواسته است تا در قبال همکاری هسته‌ای هند و آمریکا، دهلی‌نو در روابط با ایران تجدیدنظر کند. از دید مخالفان، رأی مثبت هند علیه ایران در شورای حکام آژانس و نیز تأخیر هند در اجرایی کردن پروژه خط لوله صلح در همین راستا قابل ارزیابی است.
مخالفان معتقدند اگر دهلی‌نو چنین تعهدی را حتی به‌طور شفاهی به آمریکایی‌ها داده باشد به منافع ملی هند خیانت کرده است چراکه رابطه استراتژیک با ایران نه براساس مصلحت‌ها بلکه برپایه واقعیت‌ها و حساسیت‌های استراتژیک هند قرار گرفته و دولت هند نمی‌تواند با این امید که توافقنامه هسته‌ای هند و آمریکا تا 14 سال دیگر نهایی و اجرایی خواهد شد، چشم خود را بر پتانسیل‌های همکاری با ایران ببندد.
به‌نظر می‌رسد اگرچه موضع‌گیری مخالفان که به‌ویژه از نظر سیاسی به حزب بی‌جی‌پی و احزاب چپ تعلق دارند، می‌تواند متأثر از فضای سیاسی رقابت‌آمیز در جامعه هند باشد اما کسانی‌که با واقع‌بینی بیشتری توافنامه هسته‌ای هند و آمریکا را مطالعه کرده‌اند، آن‌را یک امتیاز به‌سود هند و ده‌ها امتیاز به‌سود آمریکا تفسیر کرده‌اند.
چراکه آمریکا از طریق این توافقنامه موفق شده است هند را زیر نظر آژانس بین‌المللی انرژی اتمی درآورد.
آزادی عمل هند را در زمینه پروژه‌های هسته‌ای محدود کند و بالاخره نوعی وابستگی ساختاری را بین آمریکا و هند به‌وجود آورد به‌گونه‌ای که دهلی‌نو ناچار باشد در سیاست خارجی و حتی داخلی‌اش همواره ملاحظه آمریکا را در نظر داشته باشد.
