موضوع مالیات بر ارزش افزوده و نحوه محاسبه آن در معاملات طلا و جواهر به غیراز اهالی این صنف، مشتریان را نیز نگران کرده است. این موضوع اعتراض طلافروشان را به‌دنبال داشته است. سازمان امور مالیاتی به‌دنبال اخذ مالیات بر ارزش افزوده سال‌های90 و91 از طلافروشان است درحالی‌که اهالی این صنف معتقدند در این دوره زمانی چنین مالیاتی از مشتریان دریافت نکرده‌اند. مجموع این مالیات‌ها رقم بزرگی می‌شود.
اختلاف دیگر نیز این است که در حال حاضر سازمان مالیاتی معتقد است که طلافروشان با احتساب کل مبلغ در هر معامله باید از خریداران، 8درصد مالیات بر ارزش افزوده اخذ کنند. به‌عنوان مثال برای یک قطعه طلای زینتی که 5میلیون تومان ارزش دارد، 400هزار تومان باید از مشتری اخذ شود. این در حالی است که سود قانونی فروش طلا 7درصد است و با این حساب درآمد مالیاتی دولت از درآمد طلافروش بیشتر می‌شود.
طبق ماده3 قانون مالیات بر ارزش افزوده این مالیات به میزانی از ارزش کالا که در یک مرحله به آن اضافه می‌شود، تعلق می‌گیرد.
یکی از فعالان اتحادیه فروشندگان طلا و جواهر منطقه شمیرانات تهران در این‌باره به همشهری گفت: «دو سال است که مالیات بر ارزش افزوده می‌پردازیم. سال گذشته به ازای 2فصل بیش از 80میلیون تومان به تنهایی مالیات بر ارزش افزوده داده‌ام اما وقتی رئیس سازمان امور مالیاتی اینچنین علیه یک صنف سخن می‌گوید، مشتریان ما اعتمادشان را از دست می‌دهند و تصور می‌کنند که ما بدون آنکه به دولت مالیات بدهیم از آنها تقاضای 8درصد مالیات بر ارزش افزوده را می‌کنیم.» یک طلافروش در منطقه غرب تهران هم در این زمینه به همشهری گفت: «در شرایط فعلی بازار و رکود اقتصادی، اخذ این مالیات از مشتری بسیار دشوار است. در بسیاری از موارد مجبوریم از سود قانونی خود نیز به مشتری تخفیف بدهیم تا بتوانیم مشتری داشته باشیم. با وجود این مالیات بر ارزش افزوده را به‌طور فصلی به دولت می‌دهیم.»
برخی اقتصاددانان معتقدند که باید به ارزش افزوده طلا که اجرت ساخت و سود فروشنده است، مالیات تعلق بگیرد نه کل ارزش آن. از آنجا که نرخ سود قانونی طلافروشان 7درصد است، دریافت مالیات 8درصدی موجب می‌شود که خریداران به غیراز مبلغ طلا و اجرت ساخت، 15درصد به‌عنوان سود و مالیات بپردازند. طلافروشان بر این باورند که با این روند، دولت یک درصد بیشتر از طلافروشان از این محل درآمد کسب می‌کند درحالی‌که مالیات باید بخشی از درآمد آنها باشد عبادالله محمدولی، رئیس اتحادیه تولیدکنندگان و صادرکنندگان طلا، جواهر، نقره و سنگ‌های قیمتی به ایسنا گفت: مشکلی که فعالان حوزه طلا با مالیات بر ارزش افزوده دارند بر سر نحوه اجرای آن است. حرف ما این است که مالیات بر ارزش افزوده باید از مرحله‌ای محاسبه شود که در آن واقعا ارزش افزوده اتفاق افتاده باشد.
