به گفته جعفر مهراد معیارهای مورد استفاده برای رتبه بندی دانشگاه‌های کشور همان معیارهایی است که توسط تیم اصلی رتبه بندی و خبرگان رتبه بندی در 2همایش پی در پی در سال 1386 در تهران تهیه و تدوین شد. مهراد افزود: در این رتبه بندی امتیازات 50گانه پژوهشی بسیار مهم است هرچند که امتیازات مربوط به آموزش شامل (30درصد)، چشم‌انداز بین‌المللی (7درصد)، تسهیلات (3 درصد) و تاثیر اقتصادی اجتماعی دانشگاه (15 درصد) نیز حائز اهمیت است.
سرپرست پایگاه استنادی علوم جهان اسلام همچنین از نشست وزرای آموزش عالی و تحقیقات علمی کشورهای اسلامی در عربستان سعودی برای رتبه‌بندی دانشگاه‌ها خبر داد. جعفر مهراد در گفت‌وگو با مهر افزود: وزرای آموزش عالی و تحقیقات کشورهای اسلامی برای بررسی معیارها و شاخص‌های رتبه بندی دانشگاه‌ها و مؤسسات پژوهشی در سال 2010 در این نشست شرکت می‌کنند.
وی اضافه کرد: اهمیت این کار در این واقعیت نهفته است که جدا بودن آموزش عالی پزشکی از آموزش عالی غیرپزشکی در ایران باعث تفکیک و جدایی نیروهای علمی، دانشجویان تحصیلات تکمیلی، تولیدات علمی، تعداد اختراعات، دانشجویان خارجی و احتمالاً استادان غیرایرانی شده که تمام این عوامل از شاخص‌ها و متغیرهای با اهمیتی هستند که عدم‌اجتماع و یکپارچگی آنها سهم امتیازات هر یک از دانشگاه‌ها را کاهش داده و از این‌رو حضور دانشگاه‌های ایران را در رتبه‌بندی‌های جهانی بسیار کمرنگ کرده است.
رئیس مرکز منطقه‌ای اطلاع‌رسانی علوم و فناوری افزود: وقتی شرایط دانشگاه‌های کشورهای مختلف اعم از توسعه‌یافته یا در حال توسعه را نگاه می‌کنیم در می‌یابیم که اکثر این دانشگاه‌ها که در نظام‌های رتبه بندی جهانی حضور دارند دانشگاه‌های جامع و یکپارچه هستند که آموزش‌های پزشکی آنها در کنار سایر آموزش‌ها انجام می‌شود. وی گفت: آرایش دانشگاه‌های ایران که اکنون با معیارها آشنا شده‌اند جهت نیل به هدف اصلی یعنی کسب امتیازات بالا و قرار گرفتن در بین 20دانشگاه برتر جهان اسلام اهمیت فراوان دارد.
