مدت هر دوره این مجلس که اعضای آن از طریق انتخابات و توسط رأی مستقیم مردم انتخاب می‌شوند، هشت سال است. نخستین مجلس خبرگان رهبری در شرایطی تشکیل شد که جمهوری اسلامی درگیر جنگ تحمیلی عراق علیه ایران بود. انتخابات این دوره مجلس خبرگان رهبری، با شرکت 18 میلیونی مردم در 19 آذر 1361 برگزار شد و 75 نفر از نمایندگان مجلس خبرگان تعیین شدند. در نهایت اولین نشست مجلس خبرگان رهبری در 23 تیرماه 1362 برگزار و با پیام حضرت امام (ره)، افتتاح شد. مهم‌ترین اقدام در کارنامه مجلس اول خبرگان رهبری، تعیین رهبری نظام پس از فوت امام خمینی بود.
مجلس خبرگان رهبری وظیفه رسیدگی به امور و وظایفی را دارد که براساس اصل 110 قانون اساسی بر عهده رهبری نهاده شده است. هم اینک مجلس خبرگان رهبری درچهارمین دوره خود به سرمی برد دوره‌ای که بنا به مصوبه مجلس هفتم، به‌منظور برگزاری همزمان انتخابات آن با انتخابات شوراها قرار است بیش از هشت سال به‌طول بینجامد.
مهم‌ترین وظیفه خبرگان در اصل ۱۱۱ قانون اساسی به این شرح ذکر شده است: هرگاه رهبر از انجام وظایف قانونی خود ناتوان شود، یا فاقد یکی از شرایط مذکور در اصول پنجم و یکصد و نهم شود یا معلوم شود از آغاز فاقد بعضی از شرایط بوده‌است، از مقام خود برکنار خواهد شد. تشخیص این امر به‌عهده خبرگان مذکور در اصل یکصد و هشتم است. درصورت فوت یا کناره گیری یا عزل رهبر، خبرگان موظفند، در اسرع وقت نسبت به تعیین و معرفی رهبر جدید اقدام کنند.
اکبر هاشمى رفسنجانی در تاریخ اول آذر ماه سال 61 به بهانه برگزاری انتخابات خبرگان رهبری در یک مصاحبه مطبوعاتی شرکت کرد. وی در این مصاحبه در جواب خبرنگارى که از ضرورت تشکیل مجلس خبرگان پرسید، گفت: «اولا ضرورت تشکیل مجلس خبرگان در اصول مختلف قانوناساسى آمده است و مربوط به رهبرى است. در نظام ما ولایت فقیه محور نظام است و حاکمیت واقعى بر عهده ولایت فقیه است و همه ارگانها مشروعیت حکومت خودشان را از رهبرى مىگیرند... [خبرگان] حق و وظیفه تعیین رهبر را دارد؛ یعنى تعیین محور حکومت و نظام...
در هر صورت مجلس خبرگان یک لنگرى است براى حفظ جامعه و انسان مطمئن که هیچ وقت در رابطه با رهبرى هیچ خلأیی پیش نمىآید. مىدانید در جامعهاى که متکى بر ولایت فقیه باشد و خلأ رهبرى پیش بیاید ما بسیار دشوارى خواهیم داشت. وقتى که ما مجلس خبرگان داشته باشیم هیچ وقت این نگرانى پیش نخواهد آمد. به محض آنکه حادثهاى پیش آمد و مردم سرگردان بودند مجلس خبرگان زود تشکیل جلسه مىدهد و ظرف دو سه روز مسئله را روشن مىکند.
اولین دوره
هاشمی رفسنجانی درباره اولین جلسه مجلس خبرگان رهبری می‌نویسد: «صبح زود به مجلس رفتم تا ساعت 9 صبح، گزارشها را خواندم و نظارتى بر کارهاى مقدماتى مجلس خبرگان نمودم. ساعت 9 مجلس خبرگان شروع شد. قرآن و پیام امام و سخنرانى آقاى مهدوى کنى [رئیس هیات مرکزى نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان] و جلوس هیات رئیسه سنى و تحلیف و انتخابات براى هیات رئیسه دائم. آقاى مشکینى رئیس و من نائب‌رئیس و آقایان مؤمن و طاهرى خرم‌آبادى، منشى انتخاب شدند.»
در اولین دوره مجلس خبرگان رهبری آیت‌الله مشکینى با 45 راى از 64 راى برای ریاست مجلس خبرگان برگزیده شد. هاشمى رفسنجانى با 38 راى نائب رئیس مجلس خبرگان شد و محمد مؤمن با 45راى منشى اول و سید حسن طاهرى خرم آبادى با 37 راى منشى دوم شد.
امام خمینی در پیامشان به این مجلس آوردند:
«شما اى فقهاى شوراى خبرگان و اى برگزیدگان ملتستمدیده در طول تاریخ شاهنشاهى و ستم‌شاهى، مسئولیتى را قبول فرمودهاید که در راس همه مسئولیتهاست. مجلس خبرگان به هیچ‌چیز الا مصالح اسلام و مسلمین فکر نکند که کوچکترین سهلانگارى بزرگترین فاجعه تاریخ را به وجود خواهد آورد.»
دوره چهارم، متفاوت‌ترین دوره
سه دوره گذشته مجلس خبرگان رهبری شرایط مشابهی داشتند. اما دوره اخیر که بیش از یکسال ازعمر آن گذشته هم ا زجهت محتوا و همزمان دوره که بیشتر از هشت سال خواهد بود متفاوت است:
در اولین اجلاس رسمی چهارمین دوره مجلس خبرگان رهبری که اول اسفند سال 1385 تشکیل شد اعضا هیات رئیسه این مجلس انتخاب شدند.
علی مشکینی که درهمه دوره‌های گذشته مجلس خبرگان ریاست آن را برعهده داشت به‌عنوان تنها نامزد ریاست با کسب 71 رای از مجموع 80 رای به‌عنوان رئیس انتخاب شد و در ادامه از میان 4 نامزد نایب رئیسی، هاشمی رفسنجانی با 65 رای و یزدی با 49 رای به‌عنوان نواب رئیس اول و دوم و سپس از بین 3 نامزد برای منشی جلسات قربانعلی دری نجف آبادی و سید احمد خاتمی با 68 و 56 رای انتخاب شدند.
در ادامه جلسه اعضای کمیته تدوین بیانیه پایانی اجلاس پس از رای گیری، انتخاب شدند. این کمیته در بیانیه پایانی نخستین اجلاس چهارمین دوره خبرگان اعلام کرد که خبرگان بر سیاست‌های رهبری در موارد مختلف اتفاق نظر دارند.
با فوت آیت‌الله مشکینی در سال 1386 هاشمی رفسنجانی رئیس مجلس خبرگان شد.
هاشمی رفسنجانی در دومین اجلاس چهارمین دوره مجلس خبرگان رهبری که روز 13 شهریور سال 1386 تشکیل شد با رای اعضاء به‌عنوان رئیس جدید مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد.
براساس رای گیری که به‌صورت مخفی انجام شد، هاشمی رفسنجانی با 41 رای به‌عنوان رئیس جدید مجلس خبرگان رهبری بعد از رحلت آیت‌الله مشکینی انتخاب شد.
همچنین در این رای گیری احمد جنتی دیگر نامزد ریاست مجلس خبرگان رهبری 34 رای کسب کرد.
انتخابات تعیین ریاست مجلس خبرگان رهبری در این زمان از حساسیت خاصی برخوردار بود. درحالی که مشکینی در دوره‌های گذشته و اوایل دوره چهارم بدون رقیب همواره برصندلی ریاست این مجلس تکیه می‌زد اما برای انتخاب هاشمی رقبای جدی وارد میدان شدند. انتخاب هاشمی رفسنجانی رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام به ریاست مجلس خبرگان از آن جهت اهمیت پیدا کرد که تفاسیر مختلفی را در رسانه‌های جهانی در پی داشت.
هاشمی که برای نواب رئیسی مجلس خبرگان در دوره‌های گذشته معمولا 70 رای داشت، این بار برای ریاست مجلس در حالی که احمد جنتی دبیر شورای نگهبان رقیبش بود، با کسب 41 رای از مجموع آرا 75 نماینده حاضر به ریاست انتخاب شد. جنتی با 33 رای نفر دوم شد. یک رای باطل اعلام شد و 10 نماینده نیز در اجلاس خبرگان حضور نداشتند.
کارشناسان در آن زمان نوشتند: میزان آرای آقای رفسنجانی کمتر از حد انتظار محافل سیاسی و آرای رقیب او بیش از حد انتظار بود. با انتخاب هاشمی رفسنجانی به ریاست مجلس خبرگان رهبری، همه طیف‌های سیاسی پیش‌بینی کردند که این دوره با دوره‌ها ی گذشته تفاوت خواهد داشت هرچند تا کنون حرکتی که نشان دهنده تفاوتی باشد دیده نشده است.
