کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس، از همان ابتدای ثبت نام با تراکم تقاضا برای عضویت مواجه شد. رقم داوطلبان عضویت در این کمیسیون ضمن ثبت نام به 47 رسید و با کناره‌گیری 3 نفر از این جمع، عدد به 44 نفر تقلیل پیدا کرد. پروسه انتخاب اعضای کمیسیون به‌عهده روسای شعب 15گانه به علاوه 2 نایب رئیس مجلس است. انتخاب اعضای این کمیسیون یک بار مورد اعتراض محمد حسین ابوترابی فرد نایب رئیس اول مجلس قرار گرفت.
با نهایی شدن ترکیب اصلی کمیسیون، اعتراض برخی نمایندگان گروه اقلیت به ویژه کسانی که در دوره پیش عضو این کمیسیون بودند برخاست. این موضوع آنچنان بیخ پیدا کرد که در جلسه روز یکشنبه، دوم خرداد برخی اعضای اقلیت مجلس از جمله داریوش قنبری، نماینده ایلام و قدرت‌الله علیخانی، نماینده قزوین که در مجلس هفتم از اعضای کمیسیون امنیت ملی بودند انتقادات تندی را به نحوه انتخاب افراد وارد کردند.
مصطفی کواکبیان، نماینده سمنان نیز به این جمع اضافه شد و حذف خود را از کمیسیون امنیت ملی «عمدی» دانست.این افراد انتخاب اعضای کمیسیون‌ها را براساس پارامترهایی همچون تخصص، تجربه و سابقه عضویت در کمیسیون درست دانستند و بر این اساس حق خود را از دست رفته دیدند. در این میان اما موضوعی مطرح شد که دخالت بیرونی را در مشخص کردن ترکیب کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی به تصویر می‌کشید. قدرت‌الله علیخانی در جلسه روز یکشنبه از دخالت محمد رضا باهنر، نایب رئیس دوم مجلس و احمد توکلی در تعیین ترکیب کمیسیون‌ها سخن گفت.
هر چند احمد توکلی در همان جلسه درباره این اتهام رفع ابهام کرد اما داریوش قنبری موضوع را به شکل دیگری مطرح کرد و از شایعاتی مبنی بر تهیه فهرست اعضای کمیسیون امنیت ملی از سوی طرفداران دولت خبر داد و گفت که ظاهرا قبلا فهرستی تهیه شده است و بسیاری افراد از همان فهرست در کمیسیون حضور یافته‌اند. موضوع دخالت دولت در انتخاب اعضای کمیسیون‌ها دستاویزی برای برخی رسانه‌های بیگانه هم فراهم آورد؛ اگر چه بارها از سوی اعضای کمیسیون امنیت و اعضای هیات رئیسه تکذیب شد.
محمد کوثری یکی از اعضای کمیسیون امنیت ملی در این باره به خبرنگار همشهری گفت: تصمیم‌گیرنده نهایی در ترکیب کمیسیون امنیت ملی، روسای شعب هستند و با توجه به اینکه برای تعیین اعضا رای‌گیری به‌صورت مخفی انجام می‌شود امکان اعمال نظر وجود ندارد. با این وجود پایگاه اطلاع رسانی عصر ایران به نقل از یکی از اعضای هیات رئیسه مجلس نوشت که دولت برای انتخاب اعضای کمیسیون امنیت ملی هیچ فهرستی به مجلس نفرستاد و تنها برای انتخاب افراد اقداماتی را انجام داد که به معنای دخالت در کار مجلس نمی‌تواند باشد.
این عضو هیات رئیسه تلاش جریان‌های سیاسی برای فرستادن نمایندگان مورد نظر خودشان به کمیسیون‌های حساس را طبیعی دانست و گفت: در جریان انتخاب اعضای کمیسیون امنیت ملی هم شاهد تلاش این جریان‌ها و گروه‌ها بودیم و دولت هم سعی کرد برای ورود برخی نمایندگان به این کمیسیون تلاش‌هایی داشته باشد.
به هر صورت در این میان هنوز هستند نمایندگانی که حق خود را برای عضویت در کمیسیون امنیت ملی تضییع شده می‌دانند، تا جایی که 11 نفر از نمایندگان مجلس حاضر به عضویت در هیچ کمیسیونی نشده و فراکسیون امنیت ملی را تشکیل داده‌اند.
اتفاق تازه‌ای که در این میان رخ داد ه است این است که داریوش قنبری اعلام داشته که کارهای تخصصی خود را در همین فراکسیون دنبال خواهیم کرد و در همین فراکسیون از وزرا و مسئولان می‌خواهیم تا مانند کمیسیون گزارش برنامه‌های خود را ارائه کنند.
