ناچیز بودن میزان بارندگی سالانه، وزش بادهای تند، بالابودن درجه حرارت و بالابودن میزان تبخیر، محیطی خشک و کم‌آب را پدید آورده است.
سیلاب و خشکسالی دو پدیده طبیعی هستند که در طول سال‌های گذشته این منطقه را تحت‌تأثیر قرار داده‌اند. منابع آب منطقه عمدتاً از رودخانه هیرمند تامین می‌شود. رود هیرمند از کوه بابا در شمال غربی کابل سرچشمه می‌گیرد و به دریاچه هامون می‌ریزد. این دریاچه به‌عنوان وسیع‌ترین دریاچه آب شیرین کشور است.
همچنین مخازن چاه نیمه با حجم 660 میلیون مترمکعب با ذخیره کردن آب هیرمند، به تأمین آب منطقه می‌پردازد که با بهره‌برداری از مخزن چهارم آن، حجم آنها به بیش از 4/1 میلیارد مترمکعب خواهد رسید. میزان آب‌های زیرزمینی سیستان، به‌دلیل وجود یک لایه با نفوذپذیری پایین در عمق کم، ناچیز برآورد شده است. همچنین میانگین بارش در منطقه، در حدود 75 میلیمتر است. اثرات خشکسالی در سال‌های اخیر بر این منطقه به‌صورت مختصر در زیر آورده شده است.
در بخش کشاورزی، آمارها نشان می‌دهد که سطح زیرکشت از 100 هزار هکتار در سال 1376 به حدود چهار هزار هکتار در سال 1381 رسیده است. تعداد احشام نیز به میزان زیادی کاهش یافته و درآمد حاصل از کشاورزی که عمده درآمد در این منطقه است، به میزان 90 کاهش پیدا کرده است. در سال 1381 میزان بیکاری در استان سیستان و بلوچستان افزون بر 20 درصد گزارش شده است. خشکسالی اثرات شدیدی را بر محیط‌زیست سیستان و بلوچستان داشته است.
مهم‌ترین اثر خشکسالی بر محیط زیست، بحث فرسایش بادی و اثرات آن است. خشکسالی با خشک‌کردن دریاچه هامون، سطح برداشت گرد و خاک را تا 5 هزار کیلومتر مربع افزایش داده است. فرسایش بادی، مخازن چاه‌نیمه‌ها را مورد تهدید قرار داده، جاده‌ها را از رسوب می‌پوشاند، انهار و رودخانه‌ها را از رسوب پر و آبادی‌ها را مورد تهدید قرار می‌دهد. همچنین فرسایش بادی، به محصولات کشاورزی آسیب جدی می‌زند.
آثار دیگر خشکسالی بر محیط زیست از بین‌بردن پوشش گیاهی و نی‌های اطراف دریاچه هامون است که روزگاری محل امرار‌معاش از صنایع‌دستی بوده‌اند و در حال حاضر اشتغال در این زمینه از بین رفته است. تمام ماهی‌های دریاچه هامون نیز از بین رفته‌اند. البته اثرات مربوط به تشدید فرسایش بادی، محلی نبوده و به کشورهای دیگر نیز سرایت کرده است.
همچنین دیگر اثر بین‌المللی خشک شدن هامون، عدم‌مهاجرت پرندگان به دریاچه هامون است که از دید کنوانسیون‌های بین‌المللی قابل بررسی است. اثر خشکسالی بر سلامت و بهداشت عمومی نیز قابل توجه است.
کاهش میدان دید با شروع توفان‌های با سرعت بیش از 110 کیلومتر در ساعت، افزایش بیماری‌هایی از قبیل سل، آسم و عفونت‌های ریوی و عفونت‌های ناشی از برخورد ماسه به پوست، افزایش میزان کوری و مشکلاتی چون سوءتغذیه و ترک تحصیل از جمله این مواردند.
یکی از دلایل آسیب‌پذیری بیش از حد سیستان نسبت به خشکسالی، وابستگی اشتغال مردم به منابع آبی است که منشأ آن در خارج از کشور بوده و میزان آن قابل پیش‌بینی نیست. همچنین وابستگی بیش از حد به کشاورزی و عدم‌وجود صنایع در منطقه، آسیب‌پذیری در منطقه را نسبت به خشکسالی افزایش داده است.
با توجه به عدم‌وجود آگاهی از میزان آب در بالادست حوضه آبریز هیرمند، برنامه‌ریزی خاصی نیز برای استفاده از منابع آب وجود ندارد. بنابراین به‌علت نگرانی از خشکسالی‌های طولانی مدت، تا‌به‌حال سعی شده برای تامین آب شهری سیستان، تمام آب مخازن ذخیره گردد و آبی از مخازن چاه‌نیمه برای مصرف کشاورزی داده نشود. این مسئله سبب شده با خشک‌شدن بستر رودخانه هیرمند، کشاورزی منطقه نیز آسیب ببیند.
البته با ایجاد یک سیستم پایش می‌توان این معضل را با شناخت از بالادست حوضه هیرمند و برطرف‌کردن نگرانی از خشکسالی در منشأ آب رودخانه هیرمند، تا حدودی از بین برد. مشکل دیگر در برنامه‌ریزی برای کاهش خسارات خشکسالی سیستان، پراکندگی در تصمیم‌گیری و برخورد با مسئله بوده است و سازمان‌ها بدون ایجاد هماهنگی، سعی در حل مسایل و اثرات خشکسالی در زمینه مربوط به‌خود را دارند.
این مسئله سبب می‌شود که منابع سرمایه‌گذاری‌شده به‌صورت هدفمندی مورد استفاده قرار نگیرد و هدر رود. تا به حال میلیاردها تومان صرف برخورد با پدیده خشکسالی در سیستان شده است که به‌دلیل عدم‌وجود برنامه مشخص نتایج کامل و مناسبی را دربر نداشته است.
سیستان نمونه‌ای از مناطق آسیب دیده از خشکسالی در ایران است که نشان می‌دهد رویکرد سنتی مدیریت خشکسالی در ایران مبتنی بر مدیریت بحران است. اساس این نوع مدیریت بروز واکنش در مقابل خشکسالی حین و پس از وقوع خشکسالی است. تجربه نشان می‌دهد این نوع رویکرد بسیار غیرمؤثر و ناکارا است.
در این روش طرح و برنامه خاصی وجود ندارد و مسئولان با خلاقیت و توان خود به مقابله با خسارات خشکسالی پرداخته و سعی در جبران خسارت می‌نمایند اما به‌دلیل عدم‌آمادگی از قبل، برنامه‌ریزی دقیقی صورت نمی‌گیرد و با توجه به ایجاد خسارت، توان برخورد با مسئله به‌صورت کامل وجود ندارد و در نتیجه پس از مدتی که در جهت جبران خسارت طی می‌شود با اتمام منابع سرمایه، عملاً کاری در جهت مقابله انجام نخواهدشد.
به‌طور مثال خسارات در منطقه سیستان طی سال‌های اخیر، بیش از 1500 میلیارد تومان بوده است و بسیار بیشتر از کمک‌ها و وام‌های دولتی بوده که پرداخت شده و همین مسئله مردم را با مشکلات حادی روبه‌رو کرده است.
بررسی تجارب جهانی نشان می‌دهد مدیریت ریسک خشکسالی یا همان مدیریت پیشگیرانه و با برنامه ریزی قبل از خشکسالی، در کاهش اثرات خشکسالی بسیار مؤثر می‌باشد. اتخاذ اقداماتی همچون آموزش همگانی، بیمه خشکسالی، تنوع کشت، کشت مقاوم، قیمت‌گذاری محصولات کشاورزی، اصلاح الگوی مصرف آب، مدیریت تقاضا، اصلاح منحنی فرمان سدها، ساخت و اصلاح سازه‌های آبی، به‌کارگیری سامانه‌های پیش‌هشدار و پیش‌بینی زودهنگام جهت مدیریت ریسک خشکسالی می‌تواند نقش قابل توجهی را در کاهش آسیب‌پذیری به خشکسالی‌ها ایفا نماید.
برای انجام مدیریت ریسک خشکسالی برنامه‌های زیادی در کشورهای توسعه یافته مطرح می‌باشد که برنامه ده مرحله‌ای مقابله با خشکسالی در آمریکا یک نمونه موفق از آنهاست. اساس این برنامه مشارکت و هماهنگی تمامی سازمان های ذی‌نفع در مقابله با خشکسالی است.
در این برنامه، کارگروهی برای پیش‌بینی زودهنگام خشکسالی وجود دارد که قبل از شروع خشکسالی و یا ابتدای شروع این پدیده که هنوز اثرات آن شروع نشده است، شروع خشکسالی و شدت آن را پیش‌بینی می‌کند.
سپس با تشکیل کارگروه‌هایی از قبیل کشاورزی، حیات وحش، اقتصاد و کارگروه سلامت و بهداشت، به ارزیابی اثراتی که خشکسالی بر این بخش‌ها خواهد گذاشت، می‌پردازند و توصیه‌های لازم را برای اقدامات مقابله با خشکسالی به مقامات منطقه می‌دهند.
با توجه به هماهنگی و همکاری سازمان‌ها در این برنامه، اجرای اقدامات واکنش به خشکسالی به سرعت و بدون اتلاف سرمایه انجام می‌گیرد و سبب کاهش اثرات خشکسالی در حین ایجاد این پدیده می‌شود.
