متن پیام به این شرح است.
بسم الله الرحمن الرحیم
درگذشت علّامه‌ی بزرگوار مرحوم آقای دکتر سید جعفر شهیدی رحمة الله علیه را به خاندان گرامی و بازماندگان و به شاگردان و ارادتمندان ایشان و به جامعه‌ی علمی و دانشگاهی کشور تسلیت میگویم.
ایشان ادیبی فرزانه و مورخی ژرف نگر و انسانی والا و با کرامت و در شمار مفاخر علمی این زمان بودند و آثار قلمی با ارزش و ماندگاری از خود به جای گذاشتند. خداوند متعال این مرد مؤمن صادق را مشمول رحمت واسعه‌ی خود گرداند و با اجداد طاهرینش محشور فرماید.
سیّدعلی خامنه ای
25/دی/1386
