محدودیت امکان مصرف برق فقط در حمل و نقل عمومی (راه‌آهن درون‌شهری و اتوبوس) موجب می‌شود که آلودگی ناشی از مصرف سوخت حمل و نقل جاده‌ای (به ویژه سواری‌ها) یکی از معضلات امروزی شهرهای بزرگ باشد. از آنجا که مصرف سوخت هر یک از بخش‌های حمل و نقل به ازای واحد حمل با یکدیگر برابر نیستند، لذا سهم آلودگی آنها و میزان صدماتی که به مردم و محیط‌زیست وارد می‌آورند نیز کاملاً متفاوت است.
یکی از عوامل آلودگی، کیفیت نوع سوخت مصرفی است. وسائل نقلیه سنگین معمولاً از نفت و گاز و وسائط نقلیه سبک از بنزین استفاده می‌کنند. بدین ترتیب سطح آلایندگی آنها با یکدیگر فرق دارد. براساس مطالعات انجام شده در سطح بین‌المللی، هر یک از انواع سوخت دارای آلایندگی منحصر به فردی است که بستگی به نوع پالایش آنها و وضعیت نفت خام استخراجی دارد.
برمبنای همین مطالعات هر نوع سوخت یک سری گاز و مواد معلق در هوا متصاعد می‌کند که میزان تاثیرگذاری هر یک بر محیط‌زیست بر حسب هزینه، مشخص و متفاوت است. برهمین اساس آلاینده‌های NOX، SOX و CO2 به ترتیب حدود 33 و 5/4 و 12/0 میلیون ریال به ازای هر تن آلاینده هزینه خارجی اعمال می‌کنند.
با توجه به میزان بار و یا مسافر حمل شده از طریق جاده یا ریل، مابه‌التفاوت صرفه‌جویی به ازای هر میلیون واحد حمل (نفر- کیلومتر یا تن- کیلومتر) در صورتی که گزینه راه‌آهن را به جای جاده انتخاب کنیم، حدود 34میلیون ریال خواهد بود. میزان حمل بار و مسافر از طریق جاده بیش از 170هزار میلیون واحد حمل بوده و لذا به سادگی می‌توان نتیجه گرفت که اگر تنها 20درصد از این مقدار توسط راه‌آهن حمل می‌شد، میزان صرفه‌جویی حاصل 1156 میلیارد ریال می‌بود.
این تنها یکی از منافعی است که سیستم ریلی می‌تواند به صورت مداوم و هر ساله عاید کشور سازد. به جز هزینه‌هایی که در نتیجه انتشار آلاینده‌های محیط‌زیست همه ساله از سوی بخش حمل و نقل زمینی بر اقتصاد کشور تحمیل می‌شود، هزینه‌های دیگری نیز وجود دارد که به طور مستقیم و یا غیرمستقیم محیط‌زیست را تحت تاثیر منفی خود قرار می‌دهد.
دو بخش مهم از این هزینه‌ها عبارتند از: هزینه‌های ناشی از اشغال زمین و هزینه آلودگی صوتی که در صرفه‌جویی‌های راه‌آهن منظور نگردیده‌اند. در بسیاری از مواقع، محیط عبور خطوط ریلی و جاده جزو با ارزش‌ترین اکوسیستم‌های طبیعی نظیر جنگل‌ها، مراتع، جلگه‌ها و کوهپایه‌های حاصلخیز هستند که ایجاد تاسیسات حمل و نقل نظیر احداث خطوط، ایستگاه‌ها و غیره می‌تواند سبب آسیب رساندن به آن شود.
سیستم حمل و نقل ریلی در این مورد نسبت به جاده بسیار بیشتر در حفظ محیط‌زیست موثر است برای همین آن را اصطلاحاً دوستدار محیط‌زیست می‌نامند.
آلودگی صوتی نیز از دیگر موارد آلاینده محیط‌زیست است که در هر دو بخش جاده و ریل وجود دارد. هزینه‌های مربوطه به دلیل فقدان اطلاعات در دسترس نیست.
اطلاعات اولیه نشان می‌دهد که وسایط نقلیه موتوری در بخش حمل و نقل زمینی به طور متوسط حدود 80 دسی‌بل آلودگی صوتی ایجاد می‌نمایند. در حالی که هر لوکوموتیو حدود 120 دسی‌بل آلودگی ایجاد می‌کند. این ارقام مربوط به هر بار فعالیت وسیله نقلیه می‌باشد که در شرایط احتساب تعداد دفعات وسایط نقلیه جاده‌ای و ریلی، آلودگی صوتی بخش جاده‌ای بسیار بیشتر از بخش راه‌آهن خواهد بود.
