از بررسی و تحلیل ابتدایی تراث‌فقهی برجای مانده از امام صادق(ع) که البته حجم بسیار گسترده‌ای را داراست، می‌توانیم علت عدم‌رجوع شیعیان را به علم اصول فقه، در سه‌قرن نخست دریابیم. این علت را می‌توان در حضور قابل دسترس امام خلاصه کرد؛ امری که سبب می‌شد تا شیعیان سؤالات خویش را به‌راحتی ( لااقل در همین دوران) از امام پرسیده، جواب خویش را به‌دست آورند. این پدیده علاوه بر از میان بردن زمینه شک در احکام که خود مهم‌ترین عامل پدید آمدن اصول عملیه‌ای همچون برائت و استصحاب و تخییر و احتیاط بوده است، در واقع حتی از ظنون نیز در احکام تا حد زیادی جلوگیری می‌کرد.
براین اساس نمی‌توان در فقه امام صادق(ع) تأکید فراوانی بر اصول مربوط به شک در احکام ملاحظه کرد؛ هر چند روایات فراوانی درباره شک در موضوعات وجود دارد که امام راه علاج آن را در استصحاب امر مشکوک، معرفی کرده است. در جهان خارج از فقه یعنی حوزه کلام اسلامی اما تأکید گسترده امام بر نقش عقل در اثبات معارف اسلامی و اثبات اصل حقانیت اسلام بود. مشهور است که امام صادق(ع) شاگردان خویش را به‌صورت تخصصی در علوم مختلف اسلامی تربیت می‌کرد تا هنگام لزوم از ایشان برای مناظرات بهره گیرد.
به‌طور کلی، امام دو گونه کارکرد عقل را که در آن روزگار در میان محافل فقهی مخالف، بسیار رایج بود، مورد نقد قرار می‌داد. این دو کارکرد به ظاهر عقلی عبارت بودند از: مصالح مرسله و قیاس. مصالح مرسله یا مصالح رها در واقع مصلحت‌ها و مفسده‌هایی بودند که در شریعت ذکری از ایشان نرفته بود و در اصطلاح، مقید و مستند به هیچ اصل جزئی یا کلی نبودند بلکه واگذاشته شده بودند. منظور از اصل جزئی در این تعریف دلیل خاص اجتهادی است که در مورد یک موضوع خاص فقهی کارایی دارد و منظور از اصل کلی، دلیل عام یا مطلق اجتهادی است که هنگام فقدان دلیل خاص کارایی دارد. این مصالح و مفاسد را غالبا حکام و امرای محلی بنا به وضعیت‌های گوناگونی که پیش می‌آمد، اتخاذ می‌کردند. البته شرط این امور عدم مخالفت با کتاب و سنت بود که طبیعتا احراز آن با توجه به فرض فقدان ادله اجتهادی کاملا ممکن بود.
شاید بتوان علت مخالفت امام با تشخیص این مصالح و مفاسد توسط فقهای مخالف را بیش از آنکه فقهی دانست، در نگاه خاص ایشان به حکومت جور یا حکومتی که ایشان از آن با عنوان طاغوت یادمی‌کرد و همواره وجوب عدم‌همکاری اختیاری با آن را به یارانش گوشزد می‌کرد، جست‌وجو کرد؛ هرچند در بعد فقهی هم امام به این امر قائل نبود که تشخیص مصالح و مفاسدی که باعث تنجیز و فعلی شدن حکم می‌شود، سهل‌الوصول است. برعکس تمام تأکیدات ایشان بر تبعیت محض از خدا و رسول و در مرتبه بعدی اولوالامر، حاکی از، دشوار بودن غیرقابل توصیف تشخیص مصالح و مفاسد اعمال است.
شاید بتوان اینگونه، مخالفت امام با این عنوان فقهی را جمع‌بندی کرد که اگر حکومت طاغوت برقرار نبود (یعنی حکومتی که امام حتی حکم قاضیان عادل آن را نیز برنمی‌تابد هرچند به حق حکم کرده باشند) و حکومت به‌دست ایشان و یارانشان بود، آنگاه می‌شد تصور کرد که در برخی موارد امام خود به بازتعریف بخشی با عنوان مصالح مرسله می‌پرداختند. نگاه بسیار منفی امام به قیاس اما بسیار روشن‌تر بود. ایشان به هیچ روی حجیت قیاسی را که منصوص‌العله یا اولویت نبود، پذیرا نمی‌شدند. البته این نگاه خاص به قیاس که درواقع تشبیه یک امر جزئی به یک امر جزئی دیگر برای تعمیم حکم مشبه‌به، به مشبه بود، گاه حتی سبب تعجب نزدیک‌ترین یاران ایشان می‌شد اما این امر برای یاران ایشان بسیار روشن بود که امام زیربار قیاس مستنبط العله، که فقیه مجتهد خود مناط حکم را استخراج می‌کرد، نمی‌رود.
