با وجود این، هنوز بسیاری از ساخت‌و‌سازهای مغایر با معیارهای زیست‌محیطی در سواحل و جزایر خلیج‌فارس ادامه دارد. ورود پساب‌های صنایع پتروشیمی از دیگر معضلاتی است که سال‌هاست گریبان آب‌های خلیج‌فارس را گرفته است.
رئیس سازمان حفاظت محیط‌زیست که به استان هرمزگان سفر کرده بود با اشاره به معضل قاچاق سوخت گفت که باید ارگان‌های مرتبط با دریا ازجمله اداره کل بنادر و دریانوردی، اداره کل شیلات، فرماندهی مرزبانی واستانداری با هماهنگی و همکاری تنگاتنگ به شکل اصولی با قاچاق سوخت وآلودگی ناشی ازآن برخورد و این معضل را برطرف کنند.
معاون محیط‌زیست دریایی سازمان حفاظت محیط‌زیست هم مهم‌ترین مشکل موجود درمناطق حفاظت‌شده ساحلی دریایی را موضوع قاچاق سوخت و آلودگی‌های نفتی ناشی از آن دانست و گفت که باید به این موضوع درسطح کشور به‌طور جدی رسیدگی شود. پروین فرشچی از دیگر مشکلات خلیج‌فارس و دریای عمان را کشتی‌های غرق شده در این دو دریا عنوان کرد و گفت: باید با تدبیر برای رفع این معضل چاره‌اندیشی شود.
