سفر احمدی‌نژاد به امارات به‌عنوان بیست‌ودومین سفر خارجی وی محسوب می‌شد و او به‌عنوان نخستین رئیس‌جمهور ایران در سفری دو روزه با مقامات این کشور دیدار کرد و بعد هم به عمان رفت. وی در سفر دو روزه خود به امارات علاوه بر حضور در امارات به دبی هم رفت و در بدو ورود به این شیخ‌نشین مورد استقبال رسمی شیخ محمد بن راشد آل‌مکتوم نخست‌وزیر امارات و حاکم دبی قرارگرفت. رئیس دولت نهم در این سفر به سخنرانی در جمع نخبگان و فرهیختگان ایرانی مقیم امارات پرداخت و همچنین در اجتماع ایرانیان مقیم دبی، حاضر شد و برای آنها هم سخنرانی کرد.
احمدی‌نژاد آن زمان از سفر خود به امارات اظهار خرسندی کرد و در پایان سفر خود با اشاره به دیدار با نخست وزیر امارات، تبادلات اقتصادی و روابط 2 کشور را در بالاترین حد خود دانست و گفت که طرف اماراتی هم معتقد است که ظرفیت‌های بسیاری وجود دارد و می‌توان روابط 2 کشور را گسترش داد. با این حال این نخستین و آخرین سفر محمود احمدی‌نژاد به امارات بود و با اینکه او در دوره 4ساله ریاست‌جمهوری خود 58سفر بین‌المللی داشت اما تنها یک‌بار به این کشور همسایه سفر کرد. چه اینکه تنش‌ها بین 2 کشور در 4ساله اول ریاست‌جمهوری وی بیشتر و بیشتر شد و ماجرای اختلاف ایران و امارات بر سر جزایر 3 گانه که حالا دیگر یکی از تکراری‌ترین ادعاهای امارات است؛ مجال سفر دوباره وی را به امارات نداد.
ادعای بزرگ امارات کوچک درخصوص مالکیت بر سر جزایر ایرانی و تحریف نام خلیج‌فارس در دوران ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد پیش از هر زمان دیگری ادامه داشت و حتی رسیدگی به این موضوع بارها در دستور کار شورای همکاری خلیج‌فارس قرار گرفت و انگشت اتهام شورا را به بهانه‌های مختلف به سمت ایران نشانه می‌گرفت.
احمدی‌نژاد که برای بار دوم توانست سکان ریاست‌جمهوری ایران را به‌دست بگیرد؛ عطای سفر به امارات را به لقایش بخشید و این بار ترجیح داد که در 4سال دوم ریاست‌جمهوری خود به جزیره ایرانی ابوموسی در آب‌های خلیج‌فارس سفر کند؛ به بهانه این سفر، شورای همکاری خلیج‌فارس جلسه فوق‌العاده تشکیل داد و سفر او به ابوموسی را بررسی کرد.
ماجرا اما از این قرار بود که محمود احمدی‌نژاد در قالب سفر استانی به هرمزگان، از جزیره ابوموسی بازدید کرد و مورد استقبال ایرانی‌های ساکن جزیره قرار گرفت اما شیخ عبدالله‌بن‌زاید آل‌نهیان وزیر خارجه امارات در سخنانی که در خبرگزاری رسمی این کشور منتشر شد ادعا کرد که این سفر نقض گسترده حاکمیت امارات بر سرزمین خود و نادیده گرفتن همه تلاش‌ها و اقداماتی است که برای حل مسالمت‌آمیز این مسئله از طریق گفت‌وگوهای مستقیم یا مراجعه به دادگاه بین‌المللی صورت می‌گیرد.
وزیر امور خارجه امارات که یک سال قبل از سفر محمود احمدی‌نژاد به ابوموسی به ایران آمده بود؛ آن زمان به این حد از انتقاد راضی نشد و در اظهاراتی به دور از واقعیت مدعی شد سفر رسمی احمدی‌نژاد به جزایر 3 گانه، تغییری در وضعیت حقوقی آنها ایجاد نمی‌کند و این سه جزیره همچنان بخش جدایی‌ناپذیر از خاک امارات هستند. امارات همان موقع از زمان انجام این سفر نیز انتقاد کرد و مدعی‌شده‌بود که ابوظبی و تهران اخیرا توافق مشترکی درباره حل مسئله جزایر 3گانه داشته‌اند و توضیح داده بود که سفر احمدی‌نژاد به ابوموسی در زمانی صورت می‌گیرد که 2 دولت ایران و امارات درباره انجام تلاش‌های مشترک برای حل این مسئله از طریق دستیابی به راه‌حل به توافق رسیده بودند. دولت امارات با تمایل خود و با هدف زمینه‌سازی برای دستیابی به راه‌حلی برای این مسئله و تقویت ثبات در منطقه، درباره مسئله جزایر 3 گانه سکوت اختیار کرده بود. سفر احمدی‌نژاد به این جزایر، نقض صریح این توافق میان 2دولت بود.
جزئیات توافق مورد ادعای مقامات اماراتی هیچگاه از سوی آنها اعلام نشد و ایران هم با رها اعلام کرد که تهران برسرمالکیت جزایر ایرانی با کسی گفت‌وگو نخواهد داشت و مالکیت ایرانی جزایر 3 گانه انکار‌ناپذیر است. احمدی‌نژاد، آن موقع در سخنرانی‌ای که در جمع مردم جزیره ابوموسی داشت در سخنانی گفت که ملت ایران هیچ نگرانی از ناحیه تحریف اسامی چون خلیج‌فارس ندارد چرا که نگرانی ناشی از ناتوانی و ضعف است که ملت ایران از این نقیصه دور هستند. وی با تأکید بر اینکه همه اسناد تاریخی گواه بر «فارس» بودن خلیج نیلگون فارس است، گفت: برخی حقایق مانند خورشید روشن است و نمی‌توان حقیقت آن را زیرسؤال برد. به گفته رئیس‌جمهور کشورمان، در طول هزاران سال گذشته هیچ عامل مؤثر دیگری جز تمدن، فرهنگ و حکومت اسلامی - ایران در بخش وسیعی از عالم ازجمله جغرافیای امروز ما وجود نداشته است. احمدی‌نژاد البته در بخشی از سخنان خود که اشاره آن به کشورهای حاشیه خلیج‌فارس داشت گفت: این خیلی ناپسند است که به دیگران اجازه دهیم در سرزمین ما پایگاه نظامی ایجاد کرده و از ما علیه دیگر ملت‌های منطقه استفاده کنند و هزینه‌های اقدامات را نیز از پول نفت و امکانات خودمان محاسبه کنند.
شاید همین قسمت از اظهارات احمدی‌نژاد بود که خشم مقامات اماراتی را بیش از همیشه برانگیخت چرا که جزیره ابوموسی، تنب‌بزرگ و تنب‌کوچک که تا سال۱۹۷۱ زیر سیطره بریتانیا قرار داشت، همزمان با عقب‌نشینی نیروهای نظامی این کشور از خلیج‌فارس و استقلال کشورهای زیر سلطه آن به ایران بازگشت. ابوموسی تنها جزیره دارای جمعیت در میان این سه جزیره است.
بر این اساس، ارتش ایران اجازه حضور در این جزیره را یافت و پرچم ایران در تمام این جزیره برافراشته شد. از آنجایی هم که در این توافقنامه بر حضور ارتش ایران در ابوموسی تأکید شده و ارتش براساس حقوق بین‌الملل مسئول حفظ حاکمیت یک کشور است، این توافقنامه حاکمیت ایران را بر این جزیره به رسمیت شناخته است و به همین دلیل ادعاهای امارات هیچگاه نتوانست به نتیجه قطعی برسد.
درست در زمانی که ایران به‌شدت این موضوع را رد می‌کرد و این سه جزیره را بخش جدایی‌ناپذیر خاک خود می‌دانست، سایر کشورهای عربی هم به کمک امارات آمدند و شیخ خالدین‌احمد‌آل‌خلیفه، وزیر خارجه بحرین گفت که بحرین قویا سفر احمدی‌نژاد به جزیره ابوموسی را محکوم و آن را نقض آشکار حاکمیت امارات بر سرزمینش می‌داند. وزیر خارجه بحرین اعلام کرده بود که منامه از امارات که با خویشتن‌داری به‌دنبال حفظ ثبات در منطقه و حل مسئله اشغال جزایر است، حمایت می‌کند و نهایتا هم وزیران خارجه شورای همکاری کشورهای عربی خلیج‌فارس به درخواست ابوظبی برای بررسی دیدار احمدی‌نژاد از جزیره ابوموسی نشست فوق‌العاده برگزار می‌کند. گرچه انتقادات این تنها موضوع تنش‌زا در روابط دیپلماتیک 2کشور نبود؛ چه اینکه سال‌های پایانی دولت احمدی‌نژاد با اخراج بی‌دلیل ده‌ها ایرانی از امارات مواجه شد و همین حالا 2 کشور درگیر حل این موضوع هستند و پرونده روابط ایران و امارات در 8سال ریاست‌جمهوری محمود احمدی‌نژاد با ماجرای اخراج غیرقانونی اتباع ایرانی از امارات که به گفته وزیر امور خارجه کشورمان بخشی از تجار بزرگ این کشور هستند بسته می‌شود و حل این چالش جدید به تیم آینده ریاست‌جمهوری ایران می‌رسد.
