به گزارش روابط عمومی سازمان بازرسی کل کشور، گزارش بررسی‌ها، بازدیدها و مطالعات مستمر کارشناسان این سازمان درباره این پارک حاکی از این است که نبود تعامل و وجود اختلافات دستگاه‌های دولتی ذی‌ربط در منطقه پارک جنگلی خجیر (جهاد سازندگی، سازمان منابع طبیعی ،سازمان آب و سازمان حفاظت محیط زیست) در زمینه نحوه بهره‌برداری، موجب شد تا علاوه بر ایجاد زمینه تضعیف حاکمیت دولت، کارکنان شاغل در مجموعه‌های دولتی مستقر در پارک بدون برخورد جدی و قانونی توسط دستگاه‌های مسئول، مبادرت به احداث ساختمان و آغل در بستر و حریم رودخانه کنند.
از سوی دیگر به دلیل اطاله دادرسی پرونده‌های متعدد تصرف و تخریب و غفلت متولیان دولتی در مورد ابهام در نحوه حفاظت از این منطقه، شرایط مناسبی برای سوءاستفاده اشخاص و تصرف غیرقانونی اراضی را فراهم کرده است. به نحوی که متخلفین با ادعای «حق ریشه» و یا «سبق تصرف اجدادی» موفق به اخذ رأی دادگاه جهت تثبیت تصرفات فوق به نفع خود شده‌اند.
این گزارش حاکی است علی‌رغم صراحت مصوبه سال 1354 هیأت وزیران مبنی بر ممنوعیت تعلیف احشام، قطع اشجار، بوته‌کنی و تجاوز و تخریب محیط زیست که موجب از بین رفتن رستنی‌ها و تغییر آکوسیستم در پارک‌های ملی می‌شود، ولی این اقدامات بدون واکنش جدی محیط‌بانان (که بعضاً از اهالی ساکن در همان پارک هستند) صورت گرفته است.
بررسی‌ها نشان می‌دهد گرچه اداره کل حفاظت محیط زیست استان تهران به عنوان متولی حفاظت از پارک ملی و قائم مقام قانونی دستگاه‌های دولتی ذی‌ربط برای حفاظت از جانوران وحشی، تکثیر و پرورش رستنی‌های موجود و تثبیت اکوسیستم منطقه خجیر، با ایجاد محدودیت‌های مختلف مانع از گسترش روستا، اسکان و افزایش جمعیت شده و همین امر منجر به مهاجرت اهالی از این منطقه شده، ولی این موضوع موجب شده تا با واگذاری امور کشاورزی و دامداری اهالی به مهاجرین افغانی، این پارک مبدل به منطقه امنی برای کار و اقامت آنان شود که از جانب استانداری تهران هم برخورد قاطعی با آنان صورت نگرفته است.
ضمن این‌که در حال حاضر حدود 20 خانوار به‌طور پراکنده در حوالی مزارع و باغ‌های ایجاد‌شده سکنی گزیده‌اند.
در گزارش کارشناسان سازمان بازرسی کل کشور به منظور حل مشکلات پارک جنگلی خجیر، پیشنهاد شده تا استانداری تهران ضمن نظارت بر استمرار تعامل سازنده دستگاه‌های مستقر در پارک ملی خجیر، نسبت به تعیین تکلیف سکونت اهالی و اسکان غیرمجاز افاغنه و جلوگیری از ورود و خروج ماشین‌آلات سنگین به منطقه پارک ملی خجیر وارد عمل شود و از آنجا که با آبگیری سد ماملو و به زیر آب رفتن اراضی حریم رودخانه آب شرب پشت سد آلوده خواهد شد، ضرورت دارد ضمن برخورد قانونی با متصرفین و ساخت و ساز‌های غیرمجاز و سایر عوامل آلاینده حاشیه رودخانه، از ادامه آلودگی بستر و حریم رودخانه منتهی به سد جلوگیری شود.
پارک ملی خجیر با بیش از 4200 هکتار وسعت (شامل 211 هکتار جنگل‌کاری) در 13کیلومتری شرق تهران و در منطقه‌ای کوهستانی واقع شده و پیش از انقلاب به علت استفاده به عنوان شکارگاه سلطنتی، عوامل دربار مانع ملی شدن آن گردیدند.
این پارک در سال 1358 با مصوبه شورای انقلاب و در جهت حفاظت از اکوسیستم منطقه به سازمان حفاظت محیط زیست واگذار شد و از سال 1363 بخشی از اراضی زراعی و جنگلی پارک به همراه تأسیسات ساختمانی و کاخ‌های موجود به وزارت جهاد سازندگی سابق تحویل شد.
بسیاری از کارگران شاغل در شکارگاه خجیر که عمدتاً قبل از پیروزی انقلاب جهت امور کشاورزی در آنجا اسکان داشتند به عنوان محیط‌بان، قرق‌بان و کارگر به استخدام جهاد سازندگی، حفاظت محیط زیست و منابع طبیعی استان تهران درآمدند.
لیکن خویشاوندی این افراد با ساکنین پارک موجب شد تا علی‌رغم ملی‌بودن پارک، برخی از آنان با ادعای این‌که از ساکنین منطقه هستند در این اراضی اقدام به ساخت و ساز کنند.
