عالم در مکتب اصولی، اول به جهت مجتهد بودن و آگاهی و تسلط بر منابع و نصوص دینی و دوم به جهت آنکه در دوره غیبت امام، در جایگاه نایب وی، مسئول رسیدگی به امور مسلمین است، خود را موظف به حضور و دخالت در سرنوشت سیاسی جامعه مسلمین می‌داند. مرحوم آقا‌نجفی نیز پس از آنکه در نجف به فراگیری وکسب علوم دینی پرداخت، برای انجام امور دینی و تبلیغ به اصفهان بازگشت و در کنار انجام وظایف و تکالیف شرعی خویش به برخی فعالیت‌های سیاسی، فرهنگی و اجتماعی مبادرت ورزید. به‌طور خلاصه برخی از اقدامات وی به شرح ذیل است:
- جنبش تحریم تنباکو در اصفهان: برخی از علما و مجتهدین برجسته و طراز اول اصفهان در این جنبش شرکت داشتند که رهبری و هدایت بزرگان و عامه مردم اصفهان بر عهده آقا نجفی بود.
- مبارزه با استبداد ظل‌السلطان و حکام قاجاری اصفهان: بیشتر عمر آقا‌نجفی مقارن با دوران ضعف و انحطاط حکومت قاجار و حکام مستبد قاجاری حاکم بر اصفهان سپری شد. مقابله با ظلم ظل‌السلطان و دفاع از مردم اصفهان در برابر زیاده‌خواهی‌های وی، مبارزه با اقبال‌الدوله کاشی (حاکم محمد‌علی‌شاه در اصفهان) و دیگر حکام مستبد اصفهان پس از نهضت مشروطیت نشان از قدرت و نفوذ سیاسی وی در اصفهان این دوره دارد (مهدوی، 1368: 481- 480).
- سیاست اتحاد اسلامی: وی به منظور ایجاد وحدت و جلوگیری از پراکندگی و تفرقه بین فرقه‌های اسلامی مکاتباتی با سلطان عثمانی و شیخ الاسلام کل ممالک عثمانی داشته است ( روزنامه زاینده رود، س1329، ش3،ص2 ) .البته طرح اتحاد اسلامی توسط وی و برادرش حاج آقا نورالله نجفی برای مقابله با زیاده خواهی‌های روس و انگلیس نیز بود (آلگار: 322).
- مبارزه با استعمار خارجی: علاوه بر مقابله با استبداد داخلی، هوشیاری و مبارزه با استعمار خارجی از مهم‌ترین اهداف علما از ورود به صحنه سیاست جامعه اسلامی بود. آقا‌نجفی نسبت به ممانعت از نفوذ بیگانه و استقلال کشور توجه و حساسیت ویژه‌ای داشت و تلاش زیادی در مقابله با این خطر انجام داد (روزنامه مجلس، س5، ش 65، 25 ذیحجه 1329ق).
- شرکت در جنبش مشروطیت و رهبری آن: در جنبش مشروطه اصفهان، آقا‌نجفی به همراه برادرش حاج آقا‌نورالله، نقش رهبری و هدایت را برعهده داشت و بر خلاف تهران که حرکت مشروطیت به انحراف کشیده و روحانیت دچار انزوا شد، در اصفهان این نهضت تا به آخر تحت حمایت روحانیت و وفادار به ایشان باقی ماند. این واقعیت یکی از ویژگی‌های مهم مشروطیت اصفهان بود که آن را از مشروطیت سایر مناطق متمایز می‌کرد ( نجفی، 1385: 89- 71 ).
- مبارزه با انحرافات و فرقه‌های انحرافی: با توجه به نقش قاطعی که آقا‌نجفی در فرو نشاندن شورش بابیه در سال1296ق داشت، هواداران بابیه به ویژه نویسندگان این فرقه تلاش فرهنگی و قلمی گسترده‌ای علیه خانواده مسجد شاهی به راه انداختند (نجفی، 1385: 6-10). این امر عواقب سختی برای آقا‌نجفی در پی داشت؛ زیرا علاوه بر حمله به شخصیت و افکار ایشان در قالب کتاب و نوشته، اعتراض دولت‌های روس و انگلیس را موجب شد و سرانجام به تبعید آقا‌نجفی از اصفهان به تهران انجامید (همان: 190-165).
- مبارزه فرهنگی- اقتصادی علیه غرب: از جمله اقدامات مهم آقا نورالله‌نجفی با همفکری برادرش آقا‌نجفی، تشکیل انجمنی به نام«صفا خانه» در محله جلفا با همکاری و مساعدت برخی از بزرگان اصفهان بود. هدف از تشکیل این انجمن مبارزه با استعمار خارجی در بعد فرهنگی در قالب مباحثه و مذاکره با علمای مسیحی در امور مذهبی بود (مهدوی، 1368، ج2: ص40) تا جایی که به منظور انتشار متن گفت‌وگوها و مباحثات انجام شده روزنامه‌ای به نام الاسلام دایر شد.
در زمینه اقتصادی نیز اقدامات زیادی برای مقابله با وابستگی اقتصادی و تشویق مردم به استفاده از کالاها و محصولات داخلی صورت گرفت. تأسیس شرکت اسلامیه در سال1316ق برای تشویق به استفاده از تولیدات داخلی و تبلیغات در مقابل کالا‌های خارجی با حمایت حاج آقا نورالله نجفی و برادرش آقا‌نجفی اقدام اقتصادی مهمی در تاریخ معاصر ایران محسوب می‌شود. حمایت از اقدام مجلس شورای ملی در خصوص تأسیس بانک ملی که با هدف قطع وابستگی از دول روس و انگلیس صورت گرفت، از دیگر اقدامات حمایتی آقا نجفی به همراهی سایر علمای دیگر بود (رجایی، 1385: 232-211).
- رحلت آقا نجفی و تحلیل موقعیت اجتماعی وی در این خصوص: می‌توان به موقعیت اجتماعی علمای شیعه از تشییع جنازه آنها پس از فوتشان نیز پی برد. جریده حبل‌المتین در ششمین‌روز درگذشت آقا‌نجفی نوشت: «در این شش روز، شهر [ اصفهان] و توابع، یکپارچه ماتم است... از دست رفتن این بزرگمرد برای مسلمانان واقعا بسی جای افسوس است. 30سال تمام، به استحقاق کامل، حامی روحانیت اسلام بود. می‌توان با کمال جرأت اظهار نمود که در تمام 300هزار جمعیت اصفهان و توابع، در این چند روز یک حالت جنونی مشاهده می‌شود، شرح وقایع نوشتنی نیست» (روزنامه حبل‌المتین، ش 16، 2شوال 1332 ق، ص 20). تحلیل روانشناسی این تجلیل از اجساد مطهره علما توسط مردم مسلما مبتنی بر پایگاه اجتماعی و موقعیت مردمی آنان است وگرنه تجلیل از شخصی که پس از مرگش نمی‌تواند نفع مادی یا مشروعیت معنوی برای آنان به همراه داشته باشد، هیچ توجیهی غیر از احترام و منزلت اجتماعی آن فرد در نزدشان ندارد.
