دعوت از میهمانان با موافقت و هماهنگی نهادهای اطلاعاتی و امنیتی کشور بود. داریوش قنبری در حالی این خبر را اعلام کرد که پیش از این و در جریان برگزاری همایش پرحاشیه ایرانیان خارج از کشور در تابستان سال 89، برخی منابع خبری غیررسمی و روزنامه‌ها، دست‌کم 27 شرکت‌کننده این مراسم را جاسوس می‌دانستند.
اگر چه هرگز فهرستی رسمی از شرکت‌کنندگان این همایش منتشر نشد اما اعتراض‌ها نسبت به هزینه‌های میلیاردی این مراسم، گفته‌های برخی سخنرانان ایرانی خارج نشین و برخی مقامات مسئول و همچنین ترکیب شرکت‌کنندگان تا آنجا بالا گرفت که مجلس شورای اسلامی طرح تحقیق و تفحص از شورای‌عالی ایرانیان خارج از کشور را به تصویب رساند.
در دومین دور همایش ایرانیان خارج از کشور که با برنامه‌ریزی و بودجه‌ای عظیم‌تر از نسخه نخست خود برگزار شد، فقط حدود1200 نفر از مدعوین حضور یافتند و دولت برای حضور برخی از میهمانان آنچنان تحت فشار قرار گرفت که برخی دعوتنامه‌ها را پس گرفت. یکی از این میهمانان هوشنگ امیراحمدی استاد دانشگاه راتگرز در ایالت نیوجرسی بود که چند سال پیش انجمنی از ایرانیان و آمریکایی‌ها را با هدف فراهم آوردن زمینه‌های مذاکره 2کشور تأسیس کرد.
امیراحمدی باوجود آنکه برخی رسانه‌های فعال در حوزه‌های امنیتی، او را عامل سازمان اطلاعات آمریکا (سیا) لقب می‌دهند، در دوران ریاست‌جمهوری احمدی‌نژاد بارها به ایران سفر کرد و گفته می‌شود که با رئیس‌جمهور و نزدیکان وی به‌ویژه اسفندیار رحیم‌مشایی دیدار کرده است. در اخبار روزهای برگزاری همایش ایرانیان خارج از کشور که روی پایگاه‌های غیررسمی خبری منتشر می‌شد، چنین آمد که امیر احمدی هیچگاه در محل برگزاری این همایش حضور نیافت ولی تصویر دعوتنامه خود را در صفحه سایت شخصی‌اش منتشر کرد.
او این اقدام را از اتاق خود در هتل استقلال تهران که محل حضور میهمانان همایش بود، انجام داد. این اقدام او واکنشی بود به مصاحبه اسفندیار رحیم‌مشایی با سایت شبکه ایران که گفته بودامیراحمدی «نسبت به آرمان‌های انقلاب موضع منفی دارد» و به همایش دعوت نشده است. موضوع امیراحمدی تنها یکی از چالش‌های دومین همایش ایرانیان خارج از کشور بود. یکی دیگر از میهمانان این اجلاس که برای سخنرانی هم به پشت تریبون دعوت شد، ریچارد فرای ایران‌شناس مشهور بود. او که در ۹۱ سالگی و برای همایش ایرانیان خارج از کشور بار دیگر مانند سفرهای باستان‌شناسی‌اش در دوران پیش از انقلاب اسلامی سفر کرده بود، پس از آن همایش یکی از خانه‌های تاریخی اصفهان را از محمود احمدی‌نژاد برای زندگی در ایران تا پایان عمر هدیه گرفت. مراسم تحویل اسناد اهدای آن خانه نیز با حضور رئیس‌جمهور و فرای برگزار شد. در همین حال رسانه‌های نزدیک به جریان رسانه‌ای دولت، با انتشار بخش‌هایی از یک کتاب که وزارت اطلاعات آن را به طبع رسانده، فرای را جاسوس سیا معرفی کردند.
پس از آن بود که انتقادها از رئیس‌جمهور و اسفندیار رحیم‌مشایی، رئیس دفتر رئیس‌جمهور و رئیس شورای ایرانیان خارج از کشور وارد فاز تازه‌ای شد.اکنون اما بیش از 8 ماه از برگزاری اختتامیه دومین اجلاس ایرانیان خارج از کشور، یعنی درست نخستین جایی که رئیس‌دفتر احمدی‌نژاد از مکتب ایرانی سخن گفت، می‌گذرد و تحقیق و تفحص مجلس از آن اجلاس تمام نشده است.
دیروز دبیر کمیته تحقیق و تفحص از شورای‌عالی ایرانیان خارج از کشور گفت که رحیم‌مشایی در دیدار اعضای این کمیته با وی توضیحاتی درباره مشکلات امنیتی میهمانان همایش ایرانیان خارج از کشور ارائه کرده است.
داریوش قنبری درباره این جلسه که برای بررسی ابهامات اعضای شورا در مورد برخی مسائل برگزار شد، به فارس گفت: ابهاماتی درخصوص نحوه برگزاری این همایش و دعوت از افراد مخالف نظام در همایش ایرانیان وجود داشت که اسفندیار رحیم‌مشایی در پاسخ به این ابهامات گفت: دعوت از میهمانان با موافقت و هماهنگی نهادهای اطلاعاتی و امنیتی کشور بود، همچنین اعضا مباحثی را درخصوص هزینه‌های این همایش مطرح کردند که مشایی هم پاسخ‌هایی به این ابهامات داد. دبیر کمیته تحقیق و تفحص از شورای‌عالی ایرانیان خارج از کشور با بیان اینکه مشایی دعوت از افراد دارای مشکلات امنیتی به همایش ایرانیان را رد کرد، تاکید کرد: همچنین در این جلسه بنا شد که هیأت تحقیق و تفحص هر 15روز جلسه‌ای با مسئولان شورای‌عالی ایرانیان برگزار کند. قنبری با اشاره به پاسخگویی مشایی در مورد ابهامات مطرح‌شده از سوی اعضای کمیته تحقیق و تفحص افزود: در نهایت مقرر شد محمد‌شریف ملک‌زاده، دبیر‌کل شورای‌عالی امور ایرانیان خارج از کشور گزارشی را در پاسخ به محورهای مورد تحقیق و تفحص تهیه کند و همراه با اسناد و مدارک به هیأت تحقیق و تفحص ارائه دهد.
