داوطلبان می‌توانند اشکالات خود را درباره سؤالات آزمون از طریق سایت سازمان سنجش آموزش کشور به نشانی www.sanjesh.org ارسال کنند.معاون سازمان سنجش گفت: این سازمان اشکالات مطرح شده را به دقت پیگیری می‌کند و پاسخ داوطلبان را از طریق اینترنت برای آنها ارسال می‌کند.
حسین توکلی در پاسخ به اعتراض برخی داوطلبان کنکور کارشناسی ارشد مبنی بر تأخیر در برگزاری آزمون در برخی حوزه‌های امتحانی افزود: آزمون کارشناسی ارشد سال 1389 در کل کشور رأس ساعت تعیین شده برگزار شد. آزمون‌های صبح رأس ساعت 8:30 و آزمون‌های بعدازظهر رأس ساعت 15 آغاز شد، لذا از لحاظ زمان برگزاری امتحانات مشکلی به‌وجود نیامد.
در آزمون کارشناسی ارشد ناپیوسته داخل سال 1389 برای 145 کد رشته شامل 52 کد رشته امتحانی در گروه علوم انسانی، 13 کد رشته امتحانی در گروه علوم پایه، 27 کد رشته در گروه فنی و مهندسی، 25 کد رشته در گروه کشاورزی، 10 کد‌رشته در گروه هنر، 14کد رشته در گروه علوم پزشکی (فقط برای دانشگاه تربیت مدرس)، 4 کد رشته در گروه دامپزشکی دانشجو پذیرش می‌شود.
امتحانات 139 کد رشته امتحانی آزمون کارشناسی ارشد صبح و بعدازظهر روزهای 28، 29 و 30 بهمن ماه 1388 برگزار شد.
