معمولا هم مدیران بخش‌های پژوهشی به‌دلیل نجابت خاصی که دارند صدایشان درنمی‌آید.در عمل نیز تا جامعه متوجه فقدان هزینه کرد بودجه‌های پژوهشی شود زمان زیادی طول می‌کشد و تازه می‌شود حذف بودجه‌های پژوهشی را با یک خط اطلاعیه تکذیب کرد. ساختمان که نیست بشود آن‌را دید. حقوق پرسنل نیست که قابل مشاهده و احساس باشد. خب امسال نشد سال دیگر پژوهش انجام می‌شود. این اتفاقی است که سال‌هاست در ایران رخ داده، نه‌تنها در دانشگاه‌ها که در سایر دستگاه‌ها نیز همین رخداد در حال تکرار است.
این چنین است که از سه درصد اعتبارهای پژوهشی مصوب بودجه‌های سالانه دستگاه‌ها، در مجموع و در خوش‌بینانه‌ترین حالت چیزی حدود نیم‌درصد تحقق یافته است. اکنون در اواخر آبان‌ماه زنگ‌های خطر برای بودجه‌های پژوهشی دانشگاه‌ها که بخش بسیار اندکی از بودجه پژوهش کل کشور را شامل می‌شود به صدا درآمده است. درواقع نسبت میان بودجه پژوهشی دانشگاه‌ها با بودجه پژوهش در کل کشور چیزی در حدود 10درصد است.
یعنی اگر بودجه کل پژوهش را چهار هزار میلیارد تومان درنظر بگیریم سهم دانشگاه‌ها که اصلی‌ترین مراکز تحقیقاتی در ایران به شمار می‌روند حدود 400میلیارد تومان است. تازه اختصاص همین مبلغ نیز همواره با اما و اگر مواجه است. شاید به همین دلیل است که اخیرا رئیس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها با اشاره به مشکلات اقتصادی در دانشگاه‌ها، گفته:
«این نگرانی وجود دارد که کمبود اعتبارات منجر به حذف اعتبارات پژوهشی در دانشگاه‌ها شود که از رؤسای دانشگاه‌ها خواستاریم که در این زمینه توجه لازم را داشته باشند. شاید بتوان در مسائل اقتصادی، بودجه‌های عمرانی را حذف کرد اما باید توجه داشت که اگر موتور آموزشی دانشگاه‌ها از کار بیفتد، مجددا سخت به راه خواهد افتاد.» وی خطاب به رؤسای دانشگاه‌ها، گفته: «اگر در بحث اعتبارات پژوهشی با کمبود بودجه مواجه شدید، می‌توان طی نامه‌ای به رئیس‌جمهور، در جهت حل این مشکل وارد شد.»
کارشناسان می‌گویند بودجه پژوهشی دانشگاه‌های کشور به‌طور متوسط حدود بیست درصد افزایش پیدا کرده اما به‌دلیل اینکه برخی از هزینه‌های جاری دانشگاه‌ها زیاد بوده و اعتبارات مصوب جوابگوی هزینه‌های اجباری نیست، بعضا اعتبارات پژوهشی قربانی اینگونه هزینه‌ها می‌شود. به‌عبارت بهتر رؤسای دانشگاه‌ها هرجا بودجه کم‌می‌آورند از اعتبارات پژوهشی برمی‌دارند. گزارش‌های سالیان قبل نیز نشان می‌دهد که در بسیاری از موارد اعتبارات پژوهشی صرف امور غیرپژوهشی شده است.
از سوی دیگر با وجود افزایش نسبی اعتبارات دانشگاه‌ها در بودجه91، نگرانی از ضعف اختصاص و توزیع به موقع این اعتبارات وجود دارد، چراکه کسری بودجه دانشگاه‌ها در سال‌های 89 و 90در بخش‌های گوناگونی نمود پیدا کرده است. کمبود خوابگاه‌ها، نادیده گرفته شدن حقوق استادان و نزول کیفیت خدمات رفاهی ارائه‌شده به دانشجویان همه از عوارض کسری بودجه دانشگاه‌ها ست اما در این میان فعالیت‌های فرهنگی و عمرانی دانشگاه‌ها کــــــه به‌واسطه کسری بودجه دچار رکود شده‌اند،
بیش از گذشته دیده می‌شود. به‌عبارتی دیگر، کسری بودجه دانشگاه‌ها در سال‌های گذشته باعث شده تا دانشگاه‌ها برای فعالیت‌های عادی و جاری خود، این نوع فعالیت‌ها را محدودتر اجرا کـــنند تا جایی که برخی دانشگاه‌ها ناچار شده‌اند از ادامه طرح‌های پژوهشی‌شان صرف‌نظر کنند. متأسفانه ساختار دانشگاه‌های کشور به‌گونه‌ای است که اگر رئیس دانشگاهی نسبت به کاهش بودجه‌هایش اعتراض کند با عواقب نامعلومی مواجه خواهد شد لذا آنها اصل را بر این قرار داده‌اند که با وضعیت موجود و مسائل و مشکلات ناشی از کسری بودجه بسازند و دم‌برنیاورند و به‌نوعی با تدابیر خاص مانند برداشت از اعتبارهای پژوهشی به گذراندن امور بپردازند.
