دکتر جعفر توفیقی در گفتگو با همشهری آنلاین در پاسخ به اینکه "آیا مجموعه حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حسن روحانی پیشنهاد تصدی پست وزارت علوم، تحقیقات و فناوری توسط حضرتعالی را با شما مطرح کرده‌اند؟" گفت: خیر، هنوز تماسی در این خصوص نداشتیم.
وی درباره منشأ گمانه‌هایی که درباره ترکیب احتمالی کابینه حسن روحانی در روزهای اخیر منتشر شده است نیز گفت: اینها در حد همان گمانه است.
وزیر علوم دولت اصلاحات در اعلام نظر درباره اصلی‌ترین سیاستی که لازم است وزارت علوم دولت یازدهم پیگیری کند، اظهار داشت: اصلی‌ترین سیاست اجرای قانون برنامه چهارم و پنجم توسعه مبنی بر هیات امنایی شدن دانشگاه‌ها و اجرایی کردن بند الف ماده 49 قانون برنامه چهارم است که عیناً هم در برنامه پنجم تکرار شده و تصریح می‌کند که دانشگاه‌ها از کلیه قوانین و مقررات کشور مستثنی هستند و صرفاً با مصوبات هیات امنای خودشان اداره می‌شوند.
جعفر توفیقی خاطرنشان کرد: بند الف ماده 49 قانون برنامه، یک قانون مادر است که اگر عملیاتی شود بسیاری از مشکلات در حوزه مسائل علمی کشور حل می‌شوند.
رئیس ستاد انتخاباتی دکتر محمدرضا عارف در انتخابات ریاست جمهوری یازدهم در پاسخ به اینکه "با توجه به حمایت اصلاح‌طلبان از حجت‌الاسلام حسن روحانی، آیا انتظار دارید که وی از چهره‌های اصلاح‌طلب برای وزارت علوم استفاده کند؟ آیا در صورت استفاده از یک اصولگرا در جایگاه وزیر علوم، از حسن روحانی توقع می‌کنید؟" گفت: به نظر من وابستگی جناحی چندان اهمیت ندارد بلکه کسی که می‌خواهد مسئولیت وزارت علوم را داشته باشد باید نهاد دانشگاه را خوب بشناسد و بداند با چه سبک مدیریتی می‌توان ظرفیت دانشگاه‌ها و ظرفیت علمی کشور را به حداکثر رساند.
دکتر توفیقی تاکید کرد: اگر وزیر علوم این شناخت و این آگاهی را نسبت به دانشگاه داشته باشد، مهم نیست که وابسته به کدام جناح باشد.
