در منابع متقدم، مورخان و سیره‌نویسان با همه کوشش‌های ارزنده‌ای که در بیان سیره و تاریخ زندگی حضرت امام‌رضا(ع) به کار برده‌اند تلاشی برای تبیین مسیر حرکت و عبور امام(ع) در سفر تاریخی به ایران نکرده‌اند و در مواردی تنها با ذکر کلیاتی به خط سیر حرکت امام‌رضا(ع) بسنده کرده‌اند.تاریخ‌نگاران متأخر نیز به سنت پیشینیان به طرح همان کلیات پرداخته و برخی نیز بدون تحقیق علمی و مستندات تاریخی و توجه به جغرافیای راه‌ها و تحولاتی که با گذر قرن‌ها در این مسیر ایجاد شده با طرح مسیرهایی بر پایه حدس و گمان، بر دشواری‌های موجود افزوده‌اند. اهمیت سفر تاریخی امام‌رضا(ع) به ایـران که بخشـی از تـاریخ سرزمین ما را شکل می‌دهد و رخدادهایی که در طول این سفر روی داده است ضرورت تبیین خط سیر هجرت تاریخی امام‌رضا(ع) را دوچندان می‌کند.از میان پژوهشگران معاصر، دکتر جلیل عرفان‌منش در پژوهش خود در کتاب«جغرافیای تاریخی هجرت امام‌رضا(ع) ازمدینه به مرو» سعی بسیاری در روشن کردن مسیر حرکت حضرت و کاروان همراهشان داشته‌اند. ایشان مسیر اصلی که حضرت برای هجرت به ایران طی کرده‌اند را مسیری بدین شرح اعلام می‌دارند:«مدینه، نقره، نباج، بصره، اهواز، بهبهان، شیراز، اصطخر، ابرکوه(ابرقوه)، ده‌شیر، یزد، خرانق، رباط پشت بادام، نیشابور، قدمگاه، ده سرخ، طوس، سرخس و مرو.»ناگفته نماند که به عقیده اکثر پژوهشگران تاریخ اسلام،مامون آگاهانه مسیر حرکت امام از مدینه تا مرو را طوری انتخاب کرده بود که شهرهای معروف به محبت اهل‌بیت، مانند کوفه و قم سر راه قرار نگیرند، اما وجود بهشتی حضرت ثامن‌الحجج فارغ از اینکه آن شهر کجاست و ساکنانش چه نسبتی با اهل‌بیت دارند از هر فرصتی برای ایجاد رابطه‌ای قوی میان خود و مردم استفاده می‌کردند.
مدینه
اینجا مدینه است، سال200 هجری قمری و هفتمین نواده رسول‌الله ناگزیر و ناگریز از هجرت به سوی مرو است. هشتمین قله از سلسله جبال امامت ، کسی نیست جز رضای آل‌محمد(ص).
در مورد مسیر هجرت میان مورخان شیعه و سنی اختلافی وجود دارد؛ به‌عنوان مثال کلینی در اصول کافی مسیر امام را از بصره و فارس می‌داند اما یعقوبی در تاریخ خودش حضور امام را در بغداد و اعزام از بصره به ایران را مسیر اصلی هجرت ایشان معرفی می‌کند.
وصول نامه تهدید آمیز مامون
مورخان می‌گویند آنگاه که رجاء‌بن‌ضحاک و یاسر، خادم به‌منزل امام رسیدند و نامه مامون را تسلیم امام کردند، دیگر امام گزیر و گریزی برای سفر نکردن به مرو نیافت و ناچار آماده سفر شد.
وداع با پیامبر مهربانی(ص)
گفته می‌شود وقتی امام قصد سفر کردند برای نشان دادن اجباری‌بودن این سفر، در چند نوبت، کنار مرقد پاک پیامبر رحمت رفته و با شکل وداع خود با جد بزرگوارش، ناخرسندی و نگرانی خویش را از این سفر صراحتا نشان دادند.
شیخ صدوق به نقل از محول سیستانی می‌گوید: هنگامی که فرستاده مأمون، وارد مدینه شد، من نیز در مدینه بودم. امام برای وداع با پیامبر وارد حرم شریف نبوی گردید. حضرت در حالی که با صدای بلند گریه می‌کرد، چند نوبت با پیامبر و مرقد پاک او خداحافظی کرد....
تعیین جانشین و پیشوای شیعیان و وداع با خانواده
یکی دیگر از اقدامات حضرت در نشان دادن کراهت بسیار‌شان از این سفر و البته به نوعی پیش‌بینی فرجام آن، تعیین امام‌جواد(ع) که در آن زمان نوجوان بودند به‌عنوان جانشین خود برای شیعیان و سفارش به اطاعت از اوامر ایشان و ترک مخالفت با حضرت و همینطور وداع جانسوز با خانواده و وصیت‌های مختلف به ایشان است. شیخ صدوق در عیون الاخبار‌الرضا(ع) و مجلسی در بحار‌الانوار آورده‌اند که حضرت در وقت وداع دستور دادند تا اهل‌بیتشان در اطراف ایشان جمع شوند و آنگاه فرمودند: بر من بگریید تا صدای شما را بشنوم.پس از آن است که بنا بر نقل‌هایی، حضرت به مکه می‌روند و بعد از زیارت خانه‌خدا عازم بصره می‌شوند که البته از برخی نقل‌ها و مدارک تاریخی اینگونه استفاده می‌شود که در این سفر امام(ع) تنها نبوده‌اند و گروهی از علویان نیز از مدینه به خراسان احضار شده بودند.
نباج
یکی از منازل میان راه مدینه تا بصره نباج است که شیخ صدوق در عیون‌الاخبار ورود حضرت بدانجا و استقبال مردم از حضرت را در آن مفصلا شرح می‌دهد.
بصره، نخستین موقف
مامون، فرستادگان خود را مکلف کرده بود که حضرت را از بصره حرکت دهند. بصره در سال14 هجری در زمان خلیفه دوم بنا شد. در تاریخ مشهور است که بصره به واسطه زمامدارانش محل تجمع عثمانیان بوده است و لسترنج در «جغرافیای تاریخی سرزمین‌های خلافت شرقی» صریحا می‌گوید که در آن زمان در بصره شیعیان پایگاهی نداشتند. گواه دیگر بر این مدعا، پایگاه نفاق بودن بصره در وقوع جنگ جمل است و مذمت حضرت امیر(ع) از مردم بصره.
از بصره تا سوق الاهواز
امام هنگامی که از بصره خارج شدند، به استناد تواریخ معتبر، به سوق‌الاهواز وارد شدند که در آنجا به خاطر رطوبت و ناسازگاری آب و هوا با مزاج ایشان، گویا دچار بیماری‌ای نیزمی‌شوند. اهواز در سال51هجری توسط ابو موسی اشعری در زمان خلیفه دوم فتح شد و البته بنای اصلی آن به اردشیر ساسانی منسوب است.
درباره خروج امام از اهواز خبر دقیقی وجود دارد که امام از پل اربق یا اربک عبور کرده‌اند. در ادامه مسیر پل اربک در شهر ارجان قدیم ( بهبهان)، قدمگاهی است موسوم به قدمگاه امام رضا(ع) که موید این مطلب است.
ارجان (بهبهان)
یاقوت حموی در مرات البلدان وجود قدمگاهی که به قدمگاه امام رضا(ع)معروف است را در این شهر گزارش کرده‌است. گفته می‌شود ارجان را جاماسب در هنگامه پیروزی بر رومیان برای فرزند قباد که ارجان نام داشت بنا کرده است و از این‌رو سابقه تاریخی بسیاری دارد. بنا بر نقلی تاریخی امام در مسجدی در این شهر نماز گزاردند و آن مسجد به نام حضرت معروف شد. بهبهان اکنون جزو استان خوزستان است. مسیر بعدی حضرت از راه‌هایی چون اصطخر، ابرقوه و یزد بوده است.
یزد
در شهر یزد که روزگاری از نواحی اصطخر به حساب می‌آمده چندین قدمگاه هست که از محل توقف حضرت در آنجا‌ها خبر داده شده است. یزد توسط اسکندر ساخته شده و بعد‌ها یزدگرد ساسانی آن را گسترش داده است. از میان منابع اولیه تنها شیخ صدوق اشاره‌ای به کویری دارد که امام و یارانشان از آنجا به سمت نیشابور حرکت داده شدند و صراحتا نامی از یزد به میان آورده نمی‌شود. منازل راه یزد به نیشابور به این شرح است: یزد، خرانق، رباط پشت بادام، رباط محمد، ریگ، ملهب، رباط حوران، بشتادران، زادویه، اشبست، ده‌شیر و نیشابور.
برخی از پژوهشگران بر این اعتقادند که امام‌رضا(ع) طی مسیر خود وارد شهر قم نیز شده و در خانه یکی از اهالی این شهر منزل کرده‌اند. در شهر قم امروزه مکانی با نام مدرسه رضویه یا مأموریه نیز ناظر بر این گذر امام وجود دارد. اما در مقابل این نظر برخی دیگر اعتقاد دارند که مأمون گذر امام از شهرهای محل تجمع شیعیان را ممنوع کرده بود و بر این اساس حضور امام در این شهر سند محکمی ندارد، با توجه به اینکه حضور و توقف امام در قم در منابع تاریخی معتبر هم تأیید نشده است.
از نشابور بر موجی از «لا » گذشتی
شهر نیشابور منسوب به شاپور دوم ساسانی است که در قرن 4میلادی به تجدید بنای آن همت گماشته و بنای اولیه آن را نیز به شاپور اول نسبت می‌دهند. در اوایل دولت اسلامی به نیشابور ابر شهر نیز گفته می‌شد. گزارش‌های متعدد و مستندی از ورود حضرت به نیشابور در منابع تاریخی آمده است. در این میان روایت حدیث سلسله‌الذهب که امام در این شهر ایراد فرموده‌اند مهر تأییدی است بر گزارش‌های ورود امام به نیشابور.عبدالسلام بن‌صالح ابوصلت هروی صاحب کتاب وفاه‌الرضا که از راویان موثق حضرت است مهم‌ترین و معتبرترین گزارش را از توقف حضرت در نیشابور ضبط و نقل کرده است. حدیث مشهور و معروف سلسله‌الذهب نیز در این گزار ش اباصلت هروی هست. آرامگاه این شیعه وفادار امام رضا(ع) اکنون در شرق شهر مشهد قرار دارد.از دیگر نقاط مورد اشاره در گزارش‌های حضور حضرت در نیشابور چشمه‌کهلان که امام در آن غسل کرده و در کنار حوض آن به نماز ایستاده‌اند و همچنین قدمگاه نیشابور در 24کیلومتری آن شهر است.منازل بعدی حضرت پس از نیشابور، طوس، ده سرخ و کوه سنگی است.گفته می‌شود در ده سرخ امام به‌منظور فراهم ساختن آبی برای وضو زمین را به دست مبارکشان اندکی حفر کرده‌اند و چشمه‌ای جوشیده که این چشمه تا اکنون نیز وجود دارد.
طوس
بنا به نوشته مورخان، هنگامی که امام وارد طوس شدند وارد خانه حمیدبن‌قحطبه شدند. شیخ صدوق می‌نویسد: امام نزد قبر هارون رفتند و پس از آن با دست مبارک خود خطی به سمتی از قبر هارون کشیدند و فرمودند: این موضع تربت من است و من در اینجا مدفون خواهم شد و به‌زودی حق تعالی این مکان را محل تردد شیعیان من قرار خواهد داد. به خدا سوگند اگر شیعه‌ای من را زیارت کند و بر من درود فرستد شفاعت ما اهل‌بیت و غفران و رحمت خداوند بر او واجب می‌شود.
سرخس
برخی بنیانگذار سرخس را کیکاووس شاه می‌نامند. منطقه سرخس در زمان عثمان همزمان با فتح خراسان در سال 31 هجری به دست سپاهیان عبدالله بن عامر فتح شد. امروزه سرخس مرز میان ایران و روسیه است. عباسیان به خاطر استقبال پرشور مردم از حضرت در واقعه نیشابور، هنگام ورود امام به سرخس نگذاشتند حضرت با مردم دیداری داشته باشند.
مرو
مرو مهم‌ترین شهر خراسان قدیم و تختگاه مامون عباسی به شمار می‌رفت. به نقل از احسن التقاسیم و معجم البلدان، بنیانگذار مرو اسکندر بوده و در سال 22 هجری توسط احنف بن قیس این شهر فتح شده است.اگرچه مامون این شهر را که مرکز موالی نیز به شمار می‌رفت به‌عنوان دارالخلافه مسلمانان برگزید اما در قرن سوم مرکزیت را از مرو به نیشابور منتقل کرد. مرو در سال 1310 هجری به تصرف روسیه در آمد و اکنون جزو کشور ترکمنستان به حساب می‌آید. شهر بیرام علی کنونی شهر جدیدی است که در کنار مرو قدیمی بنا شده است. ورود امام به مرو با استقبال باشکوه مامون و دربارش همراه بوده و گزارش‌های تاریخی زیادی از وقایع رخ داده طی حضور ایشان در مرو حکایت می‌شود.یکی از مهم‌ترین وقایع زندگی حضرت در زمان حضور در مرو، پذیرفتن ولایتعهدی عباسی زیر فشار شدید سیاسی مامون بوده است.