با سقوط رژيم صدام و اشغال عراق، شيعيان آن كشور و متحدينشان در ايران و ديگر نقاط شيعه نشين در برابر يك واقعيت دوگانه قرار گرفتند. از يكسو رژيم صدام ساقط شده و فضاي جديد در عراق پتانسيل شيعه در آن كشور را آزاد مي كرد و بطور طبيعي موجب خشنودي همه شيعيان را فراهم مي آورد؛ واز سوي ديگر يك كشور مستقل مسلمان به اشغال بيگانگان درآمده بود كه نمي توانست رضايت شيعيان را در كنار ديگر مسلمانان جلب كند. از آن هنگام شيعه عراق بناچار كوشيد تا يك استراتژي متناسب با اين شرايط را طرح ريزي كند. طبيعي است واقعيت هاي موجود در صحنه، يك نوع دوگانگي را بر اين استراتژي تحميل مي كرد. شيعيان از يك سو مي كوشيدند تا از فرصت به وجود آمده براي پي ريزي نظامي بهره  جويند كه تا حد ممكن حق اكثريت بودن آنان را تضمين نمايد، و از سوي ديگر با دقت و هوشياري تمام بر آن بودند كه از اعطاي مشروعيت به اشغالگران عراق بپرهيزند و در مسير آزاد سازي كشورشان به حركت درآيند . دو سوي اين استراتژي بطور طبيعي گاه در تزاحم با يكديگر عمل كرده و مي كنند ، ليكن شيعه در هر حال بر آن است كه به هر دو هدف خود دست يابد . مرحوم آيت الله سيد باقر حكيم نه تنها با هيچ مقام آمريكايي ديدار نكرد بلكه در هر فرصتي بر ضرورت آزاد سازي هر چه سريعتر عراق و خروج نيروهاي اشغالگر تأكيد مي نمود. پس از شهادت وي نقش سياسي آيت الله سيستاني به عنوان برجسته ترين مراجع نجف پر رنگ تر شد.
آيت الله سيستاني هيچگاه با هيچ مقام آمريكايي و انگليسي ديدار نكرد و حتي درخواست وزير خارجه انگليس براي ملاقات را نپذيرفت. و همواره كوشيد تا ضمن آنكه اوضاع را به گونه اي به پيش مي راند كه شيعه بتواند تا حد ممكن در چار چوب نظام حكومتي جديد حقوق خود را كسب كند در عين حال هوشمندانه از اعطاي مشروعيت به اشغالگران و هر چه كه مشروعيتش را از اشغالگران كسب مي نمايد پرهيز مي كند. پيام اخير او به غازي ياور رئيس جمهور جديد عراق مبين همين نكته است. همه مي دانند كه شيعيان براي انتخاب غازي ياور تلاش كرده اند، تا آنجا كه عدنان پاچه چي رقيب اصلي او، احمد چلبي را متهم مي كند كه سازمانده يك توطئه براي جلوگيري از به رياست رسيدن وي بوده است. اما در عين حال آيت الله سيستاني فراموش نمي كند كه نبايد حكومتي كه در هر حال مشروعيت آن به آمريكا ارتباط پيدا مي كند را مشروع تلقي كند. لذا در پيام خود غازي ياور كه به حكم امر واقع بايد همه عراقيها با وي همكاري كنند، به او ياد آوري مي شود كه شما فاقد مشروعيت انتخابي هستيد. ناگفته پيداست كه آيت الله سيستاني از معدود جريانهاي عراقي است كه به خودي خود - به عنوان برجسته ترين مرجع تقليد در عراق - مشروعيت دارد؛ در حاليكه اكثريت جريانهاي سياسي موجود در صحنه عراق كه پيش از اين در خارج از كشور به سر مي بردند، با اتكاء به نيروهاي آمريكايي توانسته اند به عراق رفته و در صحنه سياسي ظاهر شوند. ديگر اقدام هوشمندانه آيت الله سيستاني ممانعت از حضور روحانيون در حكومت موقت است؛ چه كه حضور روحانيون مي تواند به منزله اعطاي مشروعيت ديني به آن تلقي شود.
اينك آيت الله سيستاني به اعمال ولايت در عراق پرداخته است، هر چند كه ميزان آن به شرايط موجود در عراق و عوامل متعدد مرتبط است.