به گزارش همشهری، در اظهارنظر کارشناسی دیوان محاسبات کشور آمده است: ابلاغیه ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران مبنی بر الحاق یا ادغام سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی استانها به استانداریها واجد محاسن و معایبی به شرح زیر است:
بر اساس اصل 126 قانون اساسی رئیس جمهور مسئولیت امور (برنامه- بودجه- اداری و استخدامی کشور) را مستقیماً بر عهده دارد و می‌تواند اداره آنها را به عهده دیگری بگذارد. لکن ترتیب اجرای مفاد اصول قانون اساسی در صورتی که در قوانین عادی به صورت مقررات برنامه‌ای، بودجه‌ای، مالی، محاسباتی، استخدامی و اداری مشخص و معلوم شده باشد استفاده از اختیارات قانون اساسی توسط مقام ریاست جمهوری صرفاً به موجب اصلاح قوانین مربوط مقتضی خواهد بود.
بنابراین، طبق تبصره ماده 90 قانون محاسبات عمومی مصوب 1366 الحاق سازمان‌های مدیریت و برنامه‌ریزی استانها به وزارت کشور اختلال در حسن اجرای قوانین مربوط به امور برنامه، بودجه، نظارت و مالی به نظر می‌رسد.
این گزارش افزود: وزارت کشور که مطابق قانون تأسیس مربوط دارای اهداف و وظایف مصرح می‌باشد به لحاظ اجرای این ابلاغیه عهده‌دار مسئولیتها و صلاحیت‌های نوینی خواهد شد که مستلزم اخذ مجوز قانونی از مرجع تقنینی است.
دیوان محاسبات احتمال سیاسی شدن جایگاه سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی و در نتیجه فداشدن دقت به پای سرعت را دیگر ایراد محتمل تغییر ساختار آن عنوان کرده است. دیوان محاسبات در پایان خواستار تدوین ساختار مناسب برای اصلاحات فوق و سپس انجام مرحله عملیاتی آن شده است.