این کمیسیون‌های شش‌گانه مأموریت دارند تا با بررسی‌های کارشناسی و تهیه گزارش جهت طرح در جلسات رسمی، با حضور اعضای خبرگان تشکیل جلسه داده و موضوعات را پیگیری نماید. ماده 17 آیین‌نامه این مجلس، کمیسیون شش‌گانه خبرگان را این‌گونه فهرست می‌کند:
1-کمیسیون تحقیق، موضوع اصل یکصد و یازدهم قانون اساسی 2- کمیسیون اصل یکصدو هشتم قانون اساسی3- کمیسیون امور مالی و اداری 4- کمیسیون اصل یکصد و هفتم و یکصد و نهم قانون اساسی 5- کمیسیون بررسی راه‌های پاسداری و حراست از ولایت فقیه6-کمیسیون سیاسی – اجتماعی
کمیسیون تحقیق
به منظور اجرای اصل یکصد و یازدهم قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، کمیسیونی مرکب از یازده نفر عضو اصلی و چهار نفر عضو علی‌البدل، برای مدت دو سال با نام کمیسیون تحقیق تشکیل می‌شود. اعضای این کمیسیون باید فراغت کافی برای انجام‌دادن وظایف خود داشته باشند.
بستگان نزدیک سببی و نسبی رهبر نمی‌توانند عضو کمیسیون تحقیق باشند. تحقیقات و مذاکرات کمیسیون تحقیق، محرمانه است و کمیسیون، مجاز به انتشار آنها جز به روش بیان‌شده در آیین‌نامه داخلی خبرگان نیست.
همچنین این کمیسیون موظف است هرگونه اطلاع لازم را درباره اصل یکصد و یازدهم- در محدوده قوانین و موازین شرعی- به دست آورده، درباره صحت و سقم گزارش‌های رسیده در این باره، تحقیق و بررسی کند و در صورتی که لازم بداند با رهبر در این زمینه ملاقات می‌کند.
دبیرخانه خبرگان باید این‌گونه گزارش‌ها را به کمیسیون تحقیق تسلیم کند و اگر دیگر اعضای خبرگان نیز در این باره اطلاعاتی را در اختیار دارند باید آنها را در اختیار کمیسیون قرار دهند. اگر کمیسیون تحقیق، پس از بررسی و تحقیق، مطالب مذکور را برای تشکیل اجلاس خبرگان کافی دانست، تشکیل جلسه فوق‌العاده را از هیأت رئیسه خواستار می‌شود و اگر کافی ندانست، موضوع را با عضو یا اعضای خبرگانی که اطلاعات را ارائه داده بودند، در میان گذاشته و درباره آنها توضیح می‌دهد. اگر آنان قانع شدند، موضوع مسکوت می‌ماند و اگر قانع نشدند، درصورتی که اکثر نمایندگان منتخب از هیأت رئیسه مجلس، تقاضای تشکیل جلسه فوق‌العاده کنند، هیأت رئیسه باید جلسه را تشکیل دهد.
البته رهبر هم می‌تواند به هر نحوی که مقتضی بداند نظریات خود را درباره اصل یکصد و یازدهم، در مجلس خبرگان مطرح کند. همچنین نصاب لازم در تشیخص ناتوانی یا فقدان یکی از شرایط مصرح در اصل پنجم و یکصد و نهم قانون اساسی، موضوع اصل یکصد و یازدهم، آرای دو،سوم نمایندگان مجلس خبرگان است.
کمیسیون تحقیق موظف است آمادگی خود را برای مشاوره در امور مربوطه به رهبری به مقام معظم رهبری اعلام کند و با هماهنگی معظم‌له، در جلوگیری از نفوذ و دخالت عناصر نامطلوب در تشکیلات نهاد رهبری مساعدت کند.
این کمیسیون، بررسی و تدوین قوانین مربوط به انتخابات و آیین‌نامه داخلی مجلس خبرگان را بر عهده دارد. تفسیر قانون انتخابات و آیین‌نامه داخلی مجلس خبرگان، در موارد ابهام با خود خبرگان است؛ بدین ترتیب که در موارد اختلاف، طرح استفساریه از سوی هیأت رئیسه یا دست کم ده نفر از اعضا تهیه و تقدیم مجلس خبرگان می‌شود.
اگر طرح، فوریت نداشته باشد عینا برای بررسی و ارائه گزارش به کمیسیون اصل یکصد و هشتم ارجاع می‌گردد.
اهم وظایف این کمیسیون عبارتند از :
1) بررسی و پیشنهاد هزینه‌های مجلس خبرگان و تقدیم آن به هیأت رئیسه برای تصویب و ارائه آن به دولت و درج در بودجه سالانه کشور
2) تنظیم نمودار تشکیلاتی و ضوابط استخدامی کارمندان، با هماهنگی سازمان مدیریت و برنامه‌ریزی و نظارت بر حسن جریان امور اداری و ارائه آن به هیأت رئیسه
3)بررسی و پیشنهاد هزینه‌های ناشی از امور نمایندگان و ارائه آن به هیأت رئیسه
4)بازرسی و رسیدگی به همه دارایی‌های منقول و غیرمنقول مجلس خبرگان و تحقیق و تسویه حساب‌ها و رسیدگی به هزینه‌شدن بودجه سالانه مجلس خبرگان و تقدیم گزارش آن به مجلس خبرگان
کمیسیون اصل107 و 109
وظیفه اصلی این کمیسیون، تحقیق و بررسی درباره همه موارد مربوط به شرایط و صفات رهبر، موضوع اصل‌های یادشده در ماده فوق و همه کسانی که در موقعیت رهبری قرار دارند و ارائه نتایج به‌دست‌آمده به هیأت رئیسه برای استفاده و بررسی در مجلس خبرگان است.
بررسی‌راه‌های پاسداری از ولایت فقیه
این کمیسیون موظف است نسبت به ارائه پیشنهاد درباره سیاستگذاری و برنامه‌ریزی در برخی امور اقدام کند. از جمله این موارد : تألیف و نشر مطالب در باره ولایت فقیه به صور مناسب و پاسخ به شبهات،معرفی ولایت فقیه در مجامع داخل و خارج کشور در سطح عموم مردم، بررسی شیوه‌های مناسب تدریس و ترویج اندیشه حکومت اسلامی و ولایت فقیه در سطوح مختلف تحصیل دانش‌آموزان و دانشجویان و نیز رسانه‌های عمومی به‌ویژه صداوسیما و ارائه راهکارهای مناسب به هیأت رئیسه مجلس خبرگان،گردآوری آمار و اطلاعات میدانی درباره آسیب‌شناسی و آفت‌های فکری و عملی حکومت اسلامی و ولایت فقیه و ارائه راهکار مناسب رویارویی با آنها.
کمیسیون سیاسی- اجتماعی
این کمیسیون موظف است با تشکیل جلسه‌هایی با حضور نخبگان و مسئولان امور سیاسی، فرهنگی، امنیتی، اقتصادی و اجتماعی، مسائل مهم داخلی و جهانی را که به گونه‌ای به انجام وظایف خبرگان مربوط می‌شوند، بررسی کرده، گزارش آن را به هیأت رئیسه تقدیم کند تا در نخستین اجلاسیه خبرگان به آگاهی اعضا برسد.
