محل اصلی زندگی خانواده‌اش قبل از آوارگی روستای الجوره در عسقلان اشغالی بوده‌است. وی از مارس سال ۲۰۰۶ تا ژوئن ۲۰۰۷ نخست وزیر دولت خودگردان فلسطین بود.
وی در مدارس سازمان آنروا در اردوگاه الشاطی تحصیلات ابتدایی را به پایان برد و در دانشسرای دینی الازهر در غزه دوره دبیرستان را ادامه داد. اسماعیل هنیه لیسانس زبان عربی از دانشکده تربیت دانشگاه اسلامی غزه دارد.
اسماعیل هنیه در سال ۱۹۹۲ همراه با ۴۱۵ نفر از رهبران و فعالان حماس و جهاد اسلامی به مرج الزهور در جنوب لبنان تبعید شد.
وی از سال ۱۹۸۱ که وارد دانشگاه اسلامی غزه شد، به عضویت انجمن اسلامی این دانشگاه درآمد و در سال ۱۹۸۳ عضو شورای دانشجویی دانشگاه شد و از سال ۱۹۸۵ تا ۱۹۸۶ رئیس این شورا شد.
- برخی از فعالیت‌های اسماعیل هنیه:
- دبیر پیشین هیأت امنای دانشگاه اسلامی غزه
- مسئول پیشین امور اداری دانشگاه اسلامی غزه
- مدیر سابق علمی دانشگاه اسلامی غزه
- عضو کمیته عالی گفت و گوی حماس با بقیه گروه‌های فلسطینی و تشکیلات خودگردان
- عضو کمیته عالی پیگیری انتفاضه به نمایندگی از حماس
- رئیس دفتر شیخ احمد یاسین
- عضو رهبری سیاسی جنبش حماس
- عضو سابق هیأت مدیره جمعیت اسلامی غزه
- رئیس باشگاه جمعیت اسلامی غزه به مدت ۱۰ سال
- اسماعیل هنیه در مه ۲۰۱۷ به سمت رئیس دفتر سیاسی جنبش حماس انتخاب شد.
