خانواده وی از مبارزان لبنانی و با گرایش چب‌گرایانه بودند و سمیر به دلیل فعالیت‌های مبارزاتی خانواده در سن چهارده سالگی به جبهه آزادی بخش فلسطین پیوست و در سال ۱۹۷۸ در حین اجرای عملیاتی در مرز لبنان و فلسطین دستگیر و به مدت یازده ماه زندانی شد.
سمیر قنطار چند ماه پس از آزادی، مجدداً فعایت‌های چریکی خود را آغاز کرد. وی در سال ۱۹۷۹ طراحی یک عمیات گرگانگیری از سربازان اسرائیلی را به عهده گرفت.
در این عملیات که ۲۲ آوریل همان سال اجرا شد، سه مبارز دیگر او را همراهی می‌کردند. قرار بود آنها با قایق به شهر نهاریا نفوذ کرده و گروگان‌گیری کنند.
این عملیات انجام و آنها سه نفر را به گروگان گرفتند اما نیروهای اسرائیلی به تعقیب آنها پرداختند. در خلال این تعقیب و گریز، دو تن از همراهان سمیر یعنی عبد المجید أصلان، منهنا المؤید کشته و سمیر قنطار به همراه همرزم دیگرش، احمد الأبرص دستگیر می‌شوند
پس از دستگیری قنطار، اسرائیل ادعا می‌کند سمیر و همرزمانش بعد از درگیری با نیروهای پلیس وارد خانه یکی از شهروندان اسرائیلی به نام هاران شده و پدر و دختر چهار‌ساله خانواده را ربودند. اسرائیلی‌ها مدعی شدند که قنطار در خلال فرار گروگان‌های خود را به قتل رسانده است. از این روی دادگاه اسرائیل در سال ۱۹۸۰ برای قنطار ۵۸۲ سال حبس صادر کرد.
پنج سال بعد احمد ابرص در تبادل اسرا آزاد شد اما اسرائیل هرگز حاظر به معاوضه قنطار نشد.
قدیمی‌ترین زندانی اسرائیل
لبنانی‌ها به سمیر سامی قنطار لقب "عمید اسری العرب" داده‌اند که معنای آن "ارشد زندانیان عرب" است. وی با سابقه‌ترین اسیر عرب در زندانهای اسرائیل بود و در طول سالیان اسارت بارها عامل اعتصاب‌های غذا و برنامه‌های اعتراضی به دلیل شرایط بد زندانهای اسرائیل بود.
وی در زندان قصد آن کرد که ادامه تحصیل دهد و سرانجام بعد از یک اعتصاب غذای نوزده روزه در سال ۱۹۹۲ توانست اجازه تحصیل بدست آورد. وی توانست در سال ۱۹۹۷ از دانشگاه تل‌آویو در رشته علوم اجتماعی فارغ‌التحصیل شود.
یکی از دلایل محبوبیت سمیر در میان اعراب و فلسطینی‌ها قدرت تحمل او در مقابل شکنجه بوده است. وی یکبار طی نامه‌ای که به صورت محرمانه از زندان خارج کرد به تشریح بخشی از این شکنجه‌ها پرداخت.
سمیر در بخشی از این نامه می‌نویسد: من را کاملا لخت روی دیوار حیاط به صلیب کشیدند و سربازان اسراییل فنون نظامی را بر بدن من تجربه می‌کردند. چندین روز زیر آفتاب داغ ماندم در حالی که دست‌هایم به دیوار بسته شده و پارچه‌ی سیاهی روی سرم بود که بوی تعفن می‌داد. بعد از این مرحله، دست و پایم را با زنجیر بستند و در گوشم گوشیی گذاشتند که از آن صدای بوق ممتد و زیری پخش می‌شد تا جایی که شعور و درک را از دست دادم. سخت‌ترین چیز‌هایی که شاهدش بودم عمل بیرون آوردن ترکش‌ها از بدنم بود؛ طوری که من می‌دیدم چگونه ترکش را از بدنم خارج می‌کردند. آنها از هیچ‌گونه داروی بیهوشی یا بی‌حس کننده‌ای استفاده نمی‌کردند و وقتی می‌خواستم از شدت درد فریاد بکشم دهانم را می‌بستند. هرگاه تغییری در وضع زخم‌هایم روی می‌داد دکتر را در زندان برای معاینه‌ام می‌آوردند. دکتر در حالی من را معاینه می‌کرد که روبروی‌ش با دست و پای بسته می‌نشستم و دکتر سیگار‌هایش را روی دست‌هایم خاموش می‌کرد. دکتر برای معاینه‌ی زخم‌هایم انگشتش را در زخمم فرو می‌کرد تا میزان ترمیم زخم را بفهمد.
حزب‌الله لبنان به رغم اینکه سمیر سامی قنطار مارکسیست است بارها تلاش کرد تا طی مبادله اسرا او را آزاد کند اما هر بار اسرائیل زیر بار این مبادله نرفت تا اینکه در تیر ماه سال ۱۳۸۷ و پس از طی فرایند طولانی مذاکرات حزب‌الله و اسرائیل که به صورت غیر مستقیم و با وساطت سازمان ملل به رهبری آلمان انجام شد، قرار بر این گرفت که سمیر نیز در قبال تحویل جنازه تعدادی از سربازان اسرائیلی آزاد شود.
تبادل اسرا در ۲۶ تیر مصادف با ۱۶ ژوئیه ۲۰۰۸ انجام شد.
وي اواخر سال 19 دسامبر 2015 مصادف با 28 آذر 94 در حمله جنگنده‌های صهیونیستی به یک ساختمان مسکونی در شهر جرمانا در ریف دمشق پایتخت سوریه به شهادت رسيد.
