در پاسخ مشهور به آن نامه که اساسش بر توجه دادن به اهمیت آزاد اندیشی معتدل، به‌عنوان یکی از شروط اصلی رشد علم و فرهنگ در اجتماع بود، رهبری به لزوم تعاطی افکار و نظریه‌پردازی و مناظره و گفت‌وگوی آزاد اصرار ورزیدند و از مسئولان خواستند که این مسائل را در ادامه توجه ایشان به نهضت تولید علم و جنبش نرم افزاری به‌طور مستمر پیگیری کنند.
ناگفته پیداست که تاکیدات رهبری همه مقید به اصولی نیز بودند که اکنون پس از قریب به گذشت 9 سال از ایده ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره، رهبر معظم در جلسه دیروز خود با نخبگان این بار با لحنی عتاب‌آلوده جویای عملی شدن آن ایده و البته دستامد‌های عینی‌اش شدند. واقعیت این است که پس از طرح ایده رهبری در ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره، بسیاری تحقق این ایده را بزرگ‌ترین گام جمهوری اسلامی ایران به سمت آرمان‌های پیشارو در افق ایران 1400 قلمداد کردند.
در این میان حتی وقتی توجه و ظرافت رهبری در توصیف جزئیات این ایده مورد مطالعه قرار گرفت، صاحب‌نظران متوجه اصول بنیادی ایشان در طرح ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره نیز شدند. اینکه برخورد افکار باید به شکل سالم باشد و نه جدلی، اینکه نظریه‌پردازی و مناظره باید منطبق با اصول و اخلاق و منطق باشد و گفت‌وگوی آزادی منتج به نتیجه است که با هدایت علما و صاحب‌نظران باشد و تولید نظریه در چهارچوب اسلامی قابل‌قبول است، از جمله هزاران نکته باریک‌تر از موی ایده ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره در حوزه‌های علمیه و دانشگاه‌هاست.
از آن تاریخ به بعد اما هر چند وقت یک‌بار،رسانه‌های گوناگون در پیگیری مطالبات رهبری از نخبگان و مسئولان در جست‌وجوی تلاش‌های مراکز ذی‌ربط صرفا به شعار‌ها یا آمار‌هایی برمی‌خوردند؛ شعار‌ها و آمار‌هایی که صورت آنها البته از عدم‌درک عمیق بسیاری از متولیان امر از منویات رهبری در پرداختن به ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره، خبرمی دهد.
در این سال‌ها با ایجاد هیات حمایت از ایجاد کرسیهای آزاداندیشی و نظریه‌پردازی و جلسات متعددی که به اسم کرسیهای نظریه‌پردازی بر پا شده و ویژه‌نامه‌های مکرر و کتبی که توسط بسیاری از نهاد‌های ذی‌ربط منتشر شده اما جریان تولید علم کشور به‌ویژه در حوزه علوم انسانی شاهد کمترین وجه عینی تلاش‌های ماخوذ از ایده تشکیل کرسیهای نظریه‌پردازی، نقد و مناظره بوده است اگر چه تلخ اما شواهد نشان می‌دهد تجربه دولت اصلاحات و دولت نهم و دهم در به دست دادن باوری عمیق و پایدار در میان مسئولان از مفهوم ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره به گواه وضعیت کنونی‌مان به‌هیچ‌وجه تجربه‌ای موفق نبوده است. سطحی نگری و سیاست‌زدگی به‌عنوان دو عامل اصلی و در تقابل ایده رهبری در ایجاد کرسیهای آزاداندیشی، نظریه‌پردازی، نقد و مناظره در این میان مهم‌ترین آفت پیشاروی این مطالبه بحق امروز جامعه علمی و دانشگاهی است.
فرجام اینکه آن روز که رهبری معظم در پاسخ مشهورشان به نامه اعضای انجمن قلم اسلامی با پیشنهاد تشکیل کرسیهای نظریه‌پردازی در حوزه‌ها و دانشگاه‌ها موافقت کردند این نکته اساسی را نیز گوشزد کردند که با این طرح باید «مرزهای علم گسترش پیدا کند و فضا بر دکانداران و فریبکاران و راهزنان راه علم و دین تنگ‌تر شود». اما به واقع، اکنون ما دکان کدام مدعی فریبکار علم و دین را توانسته‌ایم تخته کنیم؟
