کم‌نظیر به این معنا که هرچند در نگاه نخست می‌توان او را مخصوصا یک فقیه و متکلم دانست اما با نظر به آثار و اندیشه‌هایش بی‌گمان او را دانشمندی می‌یابیم که در باب موضوعات گوناگونی به تفکر و نگارش پرداخته است.آنچه در پی می‌آید نگاهی است به سلوک علمی و عرفانی این فرزانه بزرگ.
شیخ بهایی در سال953هجری قمری در بعلبک از توابع جبل عامل در یک خاندان اهل علم و دانش که تبار و نسب خود را به حارث همدانی، از یاران علی(ع) می‌رساندند، زاده شد. پدرش عالم بزرگوار شیخ حسین فرزند عبدالصمد حارثی، یکی از شاگردان مبرز و فاضل فقیه نامدار شهید ثانی (شهادت: 911هجری قمری) بود. فشارها و دشواری‌هایی که در جبل عامل نسبت به شیعیان روا می‌شد باعث شد تا شیخ بهایی همراه پدر به ایران، که در آن زمان تحت حکومت صفویان، امنیتی برای شیعیان فراهم آورده بود، هجرت کند.
شیخ بهایی در اصفهان علوم رایج را به خوبی آموخت و استعداد شگرفی در رشته‌های گوناگون علمی نظیر فقه، کلام، حدیث، اصول فقه، رجال، تفسیر و ریاضیات نشان داد. او شاگردان دانشمندی تربیت کرد، ازجمله ملاصدرای شیرازی، ملا محمدتقی مجلسی اول، محقق سبزواری و فاضل جواد (صاحب آیات‌الاحکام). تحقیق و مطالعه شیخ در علوم گوناگون از سر تفنن نبوده است. او افزون بر اینکه روح تشنه دانش خویش را از این طریق سیراب می‌کرده و پرورش می‌داده است، گویی از منظر عارف مسلمانی که جلوه‌های حقیقت را در چهره‌های گوناگون عالم و رشته‌های گوناگون علمی می‌دیده به سلوک فکری در این رشته‌های متنوع علمی پرداخته است. این نحوه تحقیق و مطالعه به شیخ منحصر نمانده است؛ برخی شاگردان و دانشمندان بعدی مکتب اصفهان کسانی بوده‌اند که از ترسیم مرزهای قاطع برای فیلسوف بودن، فقیه بودن، مفسر بودن و اهل حدیث بودن پرهیز کرده‌اند و کوشیده‌اند این معارف ژرف و عالی را در گستره‌ای سازگار و مرتبط با یکدیگر بنگرند و اندیشه‌هایی پدید آورند که در عین عمق و والایی، جنبه‌های گوناگون عالم و آدم را دربربگیرد؛ ملاصدرا نمونه‌ای از این متفکران است.
آثار شیخ بهایی را برخی نزدیک به 200 اثر دانسته‌اند، اما درتحقیقات اخیر، برخی نویسندگان، آنها را 123 جلد برشمرده‌اند. بعضی از آثار او در فقه عبارتند از:
اثنی عشریات خمس: نماز، زکات، روزه و حج؛ جامع عباسی (رساله عملیه فارسی)؛ حاشیه بر ارشاد‌الاذهان علامه حلی؛ حاشیه بر قواعد علامه؛ حاشیه بر قواعد شهید اول؛ الحبل المتین؛ شرح من لایحضره الفقیه و رساله فی‌فقه الصلوه. او در علوم قرآنی، ازجمله حاشیه انوارالتنزیل قاضی بیضاوی، حل‌الحروف القرآنیه و العروه‌الوثقی را نگاشت. همچنین در حدیث: الاربعین؛ در ادعیه و مناجات: حاشیه بر صحیفه سجادیه، شرح دعای صباح، مصابح‌العابدین؛ در اصول اعتقادات ازجمله: اثبات وجودالقائم، مقارنه بین امامیه و زیدیه، الاعتقادیه؛ در اصول فقه ازجمله: زبده‌الاصول، شرح حاشیه خطائی، الوجیزه، در رجال: حاشیه خلاصه الاقوال علامه حلی، حاشیه رجال نجاشی، طبقات‌الرجال، الفوائدالرجالیه؛ در ریاضیات نیز 20جلد کتاب ازجمله: اسطرلاب، بحرالحساب، التحفه (اوزان شرعی)، تشریح‌الافلاک، حل اشکال عطارد و قمر، خلاصه‌الحساب و الهندسه، معرفه‌التقویم، جبر و مقابله، را نگاشته است. شیخ در فلسفه نیز 3 کتاب انکار جوهرالفرد، الوجودالذهنی و وحدت وجود را نوشته است.
یکی از آثار گرانقدر شیخ بهایی، کتاب اربعین است. این کتاب شامل 40حدیث است و ظاهرا برمبنای روایتی از پیامبر اکرم(ص) به نگارش درآمده است: «هرکس بر امت من 40حدیث از احادیثی که در امور دینی خود بدان نیاز دارند حفظ نماید، خداوند عزوجل او را فقیه و عالم محشور می‌فرماید». احادیث کتاب به‌گونه‌ای برگزیده شده‌اند که بخش اساسی حیات دینی یک مسلمان را دربرمی‌گیرند. برای نمونه، تربیت و تهذیب نفس و عرفان الهی، اهمیت نماز و طهارت و روزه، حج و فضیلت آن، جهاد، روزی حلال، آفات دنیاطلبی، نهی از یاری‌کردن ستمگران، دوستی و وفای به عهد، پرهیز از گناه، اخلاص در عمل، ارزش علم و... ازجمله مباحث این کتاب است. شیخ در این کتاب بر صدق مؤمن راستین، شناخت خداوند و در پیش گرفتن زندگی اخلاقی تأکیدکرده است. او در شرح احادیث همواره نکاتی نغز درباره تزکیه باطن و اهتمام به اعمال نیکو و صالح را همراه با رهپویی طریق پیامبر و امامان(ع) متذکر می‌شود؛ گویی شیخ خواسته است که مؤمن سالک با مطالعه هر حدیث و شرح آن، به ژرفای معارف و رهنمایی‌های باطن آن حدیث گذر کند و گام‌به‌گام در حضوری چهل‌گانه، باطن خویش را بپیراید و نورانی سازد و از وجود صافی گشته خویش، عالمی پاک و پویا پدید آورد و در عین حال بداند که باز دنیایی که فراپشت می‌نهد گذراست و بسیار لغزنده و متزلزل برای توقف جستن و دل سپردن. از این رو، بیهوده نیست که او با فضیلت حدیث و نقل و حفظ آن آغاز می‌کند.
حفظ و نقل حدیث برای او محملی است برای آویختن فکر و ذکر به معارف جوشیده از قلب پیامبر (ص) و اهل بیت(ع). این ذکر متأملانه او را وامی دارد که در این سلوک و جست‌وجو و در این شرح و کاوش، همواره آیات قرآن کریم و احادیث متناسب را بیان کند و میدان بحث را بیشتر بگستراند و ژرفا را- به قدر بضاعت- آشکار کند. عارف راستین الهی را، از نظر او، از نشانه‌هایی می‌توان شناخت: تعظیم و احترام خدا، بر زبان‌نیاوردن سخن ناروا، پرهیز از حرام، روزه‌داری و نیایش شبانه، تأمل و اندیشه، یاد مداوم خدا، سکوت و سخن گفتن به پند و حکمت. به نظر او، عارف پاکیزه می‌زید، اهل جهاد و مجاهدت است، از اندوه و دشواری‌های دیگران می‌کاهد و از ناتوانان و درافتادگان دستگیری می کند، امر به معروف و نهی از منکر می‌کند، از ستمگری و ستمگران بیزار است، اهل دنیا و دوستی آن نیست، از عجب و خودبینی به‌دور است، پارسا و اهل توبه است و از روز بازپسین بیمناک است.
با آنکه شیخ بهایی خود فقیهی برجسته است اما فقه و کاوش‌های فقهی را در پرتو و مسیری می‌بیند که در سلوک راستین یک مسلمان قرار دارد؛ زندگی براساس احکام فقهی و تأمل فقیهانه را ترسیم‌گر، حافظ و تا اندازه‌ای پرورش‌دهنده طریقی می‌داند که مسلمان راستین در آن گام برمی‌دارد و می‌کوشد عمق و تعالی یابد. شیخ حیات فکری و عملی انسان را در سیر با خدا و به سوی خدا می‌داند و در این سلوک، فقه و اخلاق و علم‌آموزی و عمل‌ورزی و نیایش را- با همه گوناگونی‌ها- در همین افق مع‌الله و الی‌الله می‌نگرد.
در حدیث سی‌وپنجم اربعین، در منزلت و ارزش معنوی مؤمن، شیخ از امام ابی‌جعفرمحمدباقر(ع) روایت می‌کند: «هنگامی که رسول خدا(ص) را به امر الهی به معراج بردند، عرض کرد: خدایا! حال مؤمن پیش تو چگونه است؟ فرمود: ای محمد! هرکس به مؤمنی اهانت کند، مرا به جنگ و محاربه خود خواسته است و من سریع‌ترین اقدام‌کنندگان بر نصرت دوستان خویش هستم... . و بنده من با چیزی به من نزدیک نشود که محبوب‌تر از فرایض باشد و البته او با نوافل به من تقرب می‌جوید تا دوستش داشته باشم و چون او را دوست بدارم، من گوش او خواهم بود که با آن بشنود و چشم او خواهم بود که با آن ببیند و زبان او خواهم بود که با آن حرف بزند و دست او خواهم بود که با آن تلاش کند، اگر مرا بخواند پاسخ خواهم گفت و اگر مسئلت نماید به او عطا خواهم کرد».
شیخ بهایی در شرح قسمتی از این حدیث شریف بیان می‌کند: «چکیده این کلمات و مقصود این سخنان آن است که مبالغه در نزدیکی به خدا را بفهماند و توضیح دهد که محبت خدا به برون و درون و نهان و آشکار بنده احاطه می‌کند. و مقصود آن است که هنگامی که بنده‌ای را دوست بدارم او را به خلوتگه انس می‌کشانم و به عالم قدس منصرف می‌سازم، فکر و اندیشه او را مستغرق جمال حق و اسرار ملکوت خویش می‌نمایم و حواس او را حیران درخشش انوار جبروت خود می‌نمایم. پس در این صورت، گام او در مقام قرب ثابت می‌گردد و گوشت و خونش به محبت الهی می‌آمیزد، تا آنکه از خود غافل و از احساس چشم می‌پوشد و اغیار از نظر او می‌افتد تا آنکه من به منزله گوش، چشم و بصر او می‌شوم، تا آنکه چنان شود که گوش او جز ذکر من نشنود و چشم او غیر مرا نبیند بلکه چشم و گوش خود را من پندارد».
البته توجه به بخش نخست روایت هم پندآموز است و تأکید بر اهمیت احترام به اشخاص و پاسداشت شئون معنوی افراد را می‌رساند. اهانت به دیگران و تحقیر ایشان نه‌تنها آسیب‌رساندن به نفس شخصیت و ارزش‌های معنوی و انسانی است بلکه موجب تحقیر و تألمات روحی شخص اهانت شده می‌شود و می‌تواند لطمه‌های فردی و اجتماعی به بار آورد.شیخ نوشته‌های ادبی فراوانی نیز دارد که نشانگر مطالعه گسترده او در ادبیات فارسی و عربی است. برخی از این آثار عبارتند از: اسرارالبلاغه، تخمیس غزل خیالی بخارایی، تهذیب‌البیان، دیوان اشعار فارسی و عربی، طوطی‌نامه، قصیده در مدح پیامبر خدا(ص)، سوانح سفر حجاز معروف به مثنوی نان و حلوا، لغزالقانون و کشکول.
کشکول اثری است که به نثر و نظم نگاشته شده و آکنده از حکایات نغز و لطیف و اشعاری از مولوی، عطار، سعدی، تهامی، نظامی و دیگران است. دراین کتاب، سخنان پیامبر(ص) و امامان(ع) به ویژه خطبه‌های امیرمؤمنان(ع) بسیار ذکر شده است.شیخ بهایی در سن 77سالگی درسال1030هجری قمری در دوازدهم شوال در اصفهان درگذشت و طبق وصیت‌اش در مشهد، در جوار روضه رضوی، به خاک سپرده شد.
