وی در نوجوانی علاقمند به فوتبال شد و از همان دوران به بازی در این رشته پر طرفدار مشغول شد. مانوئل خوزه در پست هافبک توپ می‌زد و از سال 1964 تا 1979 برای تیم‌های زیادی به عنوان بازیکن وارد میدان شد.
وی در زمان حضورش در تیم یونیائو دی تومار در طول 4 سال 111 بازی برای این تیم انجام داد و 12 گل هم به ثمر رساند.
مانوئل ژوزه پس از خداحافظی از فوتبال در سال 1978 وارد عرصه مربی‌گری شد این حرفه را با تیم اسپورتینگ دی اسپینیو آغاز کرد.
در کارنامه وی هدایت تیم‌هایی چون ویتوریا گیمارش، اسپورتینگ براگا، اسپورتینگ لیسبون، بوآ ویستا، ماریتیمو و یونیائو لیریا از لیگ پرتغال به چشم می‌خورد.
در سال 1999 مانوئل ژوزه که از بنفیکا اخراج شده بود، قراردادی با تیم یونیائو لیریا امضا کرد اما در سال دوم حضورش در این تیم و در حالی که 7 بازی به پایان فصل باقی مانده بود و تیمش در حال دست یافتن به بهترین رتبه در تاریخ خود بود، به وسیله مسئولان باشگاه اخراج شد و خوزه مورینیو جایگزین او شد.
مانوئل از آن پس به الاهلی مصر پیوست و نخستین پیروزی خود با این تیم را با برد یک بر صفر مقابل رئال مادرید به دست آورد.
وی در سال 1997 برای دو سال هدایت بنفیکا را در دست گرفت اما در این تیم چندان موفق نبود.
در سال 2001 وی هدایت الاهلی مصر را در دست گرفت و با وجود اینکه سال بعد دوباره به لیگ پرتغال بازگشت و سرمربی بلننزه شد بار دیگر در سال 2003 به الاهلی آمد و 6 سال موفق را با این تیم پشت سر گذاشت.
مانوئل ژوزه به عنوان یکی از موفق‌ترین مربیان باشگاهی در رقابت‌های باشگاه‌های آفریقا شناخته می‌شود به طوری که او مهم‌ترین تورنمنت‌های باشگاهی در آفریقا از جمله لیگ قهرمانان آفریقا، به همراه الاهلی فتح کرده است.
مانوئل ژوزه که در سال 2011 بار دیگر به الاهلی بازگشته بود، در جریان بازی جنجالی این تیم مقابل الزمالک که به درگیری میان تماشاگران دو تیم و کشته شدن شمار زیادی از تماشاگران منجر شد از فوتبال مصر خداحافظی کرد.
مانوئل ژوزه تیر سال 1391 با مسئولان باشگاه پرسپولیس به توافق رسید و سکان هدایت این تیم را در دست گرفت.
وی پس از کسب نتایج ضعیف برای این تیم، آذر سال 1391 از سوی کمیته فنی تیم پرسپولیس برکنار شد و یحیی گل‌محمدی سکاندار این تیم شد.
