پدر مورينيو، فليكس مورينيو يك دروازه‌بان و مربي پرتغالي بود و مادرش، ماريا جوليا در مدرسه تدريس مي‌كرد. خانواده مورينيو همگي به فوتبال علاقه‌اي خاص داشتند.

پس از پايان تحصيلات به مدرسه آمادگي جسماني ليسبون رفت ولي مدتي بعد مادرش كه از توانايي مديريت او اطلاع داشت نام او را در مدرسه مديريت ثبت‌نام كرد اما خوزه از آن مدرسه خوشش نيامد و دوباره در مدرسه آمادگي جسماني شركت كرد و 5 سال بعد از آن‌جا مدرك گرفت.

مورينيو دوره مربيگري خود را در اسكاتلند گذراند و سپس به پرتغال برگشت و مربي ورزش يك دبيرستان شد. او مدتي در باشگاه‌هاي كوچك و متوسط پرتغال بازي و در همان زمان تحصيل نيز مي‌كرد.

در دهه 90 مدتي را به مربيگري پرداخت و پس از آن با لقب تراديوتور (مترجم) معروف شد. چون مترجم يا مفسر سر بابي رابسون در باشگاه‌هاي اسپورتينگ و پورتو بود.

در سال 1996 به همراه رابسون به بارسلونا رفت و همچنان مترجم او بود. پس از رفتن رابسون او همچنان در بارسلونا ماند و با جانشين هلندي رابسون يعني لوييس ون‌گال كار كرد. او در كلاس‌هاي مربيگري و مديريت شركت مي‌كرد و ناگهان او مربي تيم دوم بارسلونا شد.

روياي او براي سرمربي شدن سرانجام در سال 2000 تحقق يافت و او مربي بنفيكا شد، ولي با تغيير سرپرستي باشگاه، مورينيو در 5 دسامبر 2000 بركنار شد و مربي يك تيم سطح پايين شد.

در سال 2002 مورينيو مربي باشگاه پورتو شد. باشگاهي كه بسيار ضعيف كار مي‌كرد در آن سال و تحت مربيگري مورينيو تيم سوم كشور شد و مورينيو قول داد سال آينده آن تيم را تيم اول سازد و  همين كار را هم كرد تا جايي كه قهرمان جام باشگاه‌هاي اروپا و جام يوفا شد.

سرانجام مورينيو در ژوئن سال 2004 به باشگاه چلسي پيوست و عنوان گران‌ترين مربي فوتبال را به خود اختصاص داد. روز بيستم سپتامبر 2007 و با موافقت دو جانبه، مورينيو باشگاه چلسي را ترك كرد. وي در طول چهار فصل حضور در چلسي، در هيچ يك از بازي‌هاي داخلي تيمش شكست نخورد.

او مدت‌ها مربي باشگاه چلسي بود ولي روز بيستم سپتامبر سال 2007 اين باشگاه را ترك كرد. مورينيو در چهار ليگ متوالي (دو ليگ در پورتو و دو ليگ در چلسي) توانست تيم خود را در صدر باشگاه‌ها قرار دهد و در دو سال متوالي (2005- 2004) از سوي فدراسيون بين‌المللي فوتبال لقب بهترين مربي دنيا را از آن خود كرد.

وي در فصل 2007-2008 به سمت سرمربی تيم فوتبال اينتر ميلان انتخاب شد.