وي در باشگاه‌های تراکتور سازی، کشاورز، آرمینیا بیله فلد آلمان، النصر امارات، چارتون انگلستان، السد قطر و پرسپولیس تهران سابقه بازي دارد.

در مراسم بهترين‌هاي فوتبال سال ايران، کريم باقري با کسب بالاترين امتياز از بين بهترين‌هاي فوتبال سال 87، مرد سال فوتبال ايران شد.

کریم باقری در 16 خرداد سال 1372 برابر تيم ملي پاكستان در جام اکو، اولین بازی ملی خود را انجام داد و 80 بازي ملي و 47 گل در كارنامه ملي خود دارد.

باقري در سال 1387 از تيم ملي خداحافظي كرد اما با بازي‌هاي شگفت‌انگيزي كه همان سال در ليگ برتر در تيم پرسپوليس انجام داد، علي دايي؛ مربي وقت تيم ملي را وادار كرد تا از او بخواهد در تيم ملي در مسابقات مقدماتي جام جهاني 2010 او را ياري كند.

افتخارات کریم باقری:

• طلای سیزدهمین دوره باز‌ي‌های آسیایی (۱۹۹۸ بانکوک)
• قهرمان جام اکو (۱۹۹۲ تهران)
• حضور در جام جهانی (۹۸ ــ فرانسه)
• مقام سومی جام ملت‌های آسیا (۱۹۹۶ امارات)
• قهرمانی با پرسپولیس (لیگ ۱۳۷۵)
• قهرمانی بوندس‌لیگا همراه با بیله فلد (۹۸ ــ99)
• قهرمان جام باشگاه‌های عرب
• مقام سومی جام باشگاه‌های آسیا با السد
• بازیکن ماه آسیا
• زننده بهترین گل ماه آسیا
• برترین بازیکن جام باشگاه‌های عرب (2001)
• عضو تیم ستارگان آسیا در دیدار با ستارگان فیفا (1997)