وي درسال 1998 در دوره نخست وزیری نواز شریف به‌عنوان ژنرالی و فرماندهی ستاد مشترک ارتش پاکستان رسید و يكسال پس از آن در كوتايي بدون خونريزي قدرت را در دست گرفت.

مشرف در سال 2001 خود را رئيس‌جمهور پاكستان خواند و در همه‌پرسي سال 2002 براي تمديد رياست‌جمهوري پيروز شد.

وي پس از رخدادهاي 11 سپتامبر 2001 به عنوان متحد كليدي بوش در نبرد با تروريسم شناخته شد.

تلاش مشرف برای خلع قدرت از افتخار چودری رئيس ديوان عالي در ماه مارس 2007 موجب ایجاد یک بحران سیاسی شد و دامنه اين بحران به بازگشت يكجانبه و دستگيري نوازشريف منجر شد كه طي آن نواز شريف به عربستان بازگردانده شد.