پدر ايشان از روحانيون نيكنام و بلند آوازه آن ديار، عالمی فرزانه، فقیهی روشن بين و عارفی مبارز و مردم گرا بود. آن مرحوم موسس مدرسه علميه اردكان بودند و امامت جمعه شهرستان يزد را بر عهده داشتند. آقای سيدمحمد خاتمی دو برادر و چهار خواهر دارند. در سال ۱۳۵۳ با خانم زهره صادقی ازدواج كردند كه ثمره اين ازدواج دو دختر و يك پسر به نام‌های ليلا (۱۳۵۴)، نرگس (۱۳۶٠) و سید عمادالدین (۱۳۶۷) است.

تحصيلات ابتدایی، متوسطه و دبيرستانی ايشان در اردكان طی شد و در همه اين سال‌ها جزء شاگردان ممتاز كلاس بودند.

در سال ۱۳۴٠ (۱۹۶۱ ميلادی) پيش از اخذ ديپلم به شوق تحصيل در علوم و معارف دینی، در حاليكه بخشی از مقدمات را در محضر پدر گرامی شان فرا گرفته بودند، رهسپار شهر قم شدند و در همان سال‌ها ديپلم متوسطه را نيز در رشته طبیعی دريافت داشتند.

آقای سيد محمد خاتمی ضمن حضور در مبارزات سیاسی حوزه در سالهای ۴۱ و ۴٢ به مدت چهار سال تحصيل در حوزه علميه قم "مقدمات" و "سطح" را فراگرفته و در سال ۱۳۴۴ هجری شمسی (۱۹۶۵ ميلادی) برای تحصيل در رشته فلسفه به دانشكده ادبيات اصفهان راه يافتند و همزمان با آن، سطوح عاليه علوم دینی را در حوزه علميه اصفهان ادامه دادند.

در سال ۱۳۴۸ هجری شمسی (۱۹۶۹ ميلادی) با درجه كارشناسی از دانشگاه اصفهان فارغ التحصيل شده و بدنبال آن و عليرغم داشتن شرايط اجتهاد برای معافيت از خدمت سربازی "بالاجبار به خدمت سربازی اعزام شدند".

در سال ۱۳۴۹ هجری شمسی (۱۹۷٠ ميلادی) در دوره كارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران پذيرفته شدند و به ادامه تحصيل پرداختند و در حاليكه كه امكان استفاده از بورس تحصیلی دوره دكترا در خارج از كشور از طرف دانشگاه تهران برايشان فراهم شده بود به شهرستان قم بازگشتند و طی چندين سال اقامت، با كوشش و جديت مراحل دروس "خارج" "فقه و اصول" و دوره عالی فلسفه را در محضر آيات عظام و استادانی چون مرتضی حائری يزدی (قده)، وحيد خراسانی، سيد موسی شبيری زنجانی، شهيد مرتضی مطهری (قده) و عبدالله‌ جوادی آملی گذراندند.

همزمان با اين ايام در دروس خصوصی شهيد مطهری پيرامون فلسفه هگل و ماركسيسم و معارف و كلام شركت می‌جستند.

آقاي خاتمی كه همواره دغدغه‌های شخصی خود را در زمينه معارف، علوم دینی، اجتماعی و فرهنگی پيگيرانه دنبال می‌كردند، نسبت به تاليف آثاری اهتمام كردند كه حاصل آن دهها مقاله، گفتار و كتاب می‌باشد.

سال ۱۳۴٠: دروس حوزوی
سال ۱۳۴۴: تحصيل در رشته كارشناسی فلسفه غرب در دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۷: عضو هيات مديره انجمن اسلامی دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۸: اخذ درجه كارشناسی از دانشگاه اصفهان
سال ۱۳۴۹: تحصيل در دوره كارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران
سال ۱۳۵٠: بازگشت به قم و ادامه دروس عالی حوزوی بمدت 7 سال تا بالاترين درجه تحصيلات حوزوی (اجتهاد - معادل دكتری)
سال ۱۳۵۸: تصدی رياست مركز اسلامی هامبورگ
سال ۱۳۵۹: يكسال پس از پيرو زی انقلاب اسلامی نماينده مردم اردكان و ميبد در مجلس شورای اسلامی
سال ۱۳۶٠: سرپرست موسسه مطبوعاتی كيهان به فرمان امام خمینی (ره)
سال ۱۳۶۱: وزير فرهنگ و ارشاد اسلامی در كابينه جناب آقای مهندس مير حسين موسوی
سال ۱۳۶۸: وزير فرهنگ و ارشاد اسلامی در كابينه جناب آقای هاشمی رفسنجانی
سال ۱۳۷۱: مشاور رييس جمهور و رييس كتابخانه ملی ايران
سال ۱۳۷۱: آغاز تدريس در دوره‌های كارشناسی، كارشناسی ارشد و دكتری در دروس انديشه سياسی، فلسفه سياست و انديشه سياسی در اسلام
سال ۱۳۷۵: عضويت در شورای عالی انقلاب فرهنگی به فرمان مقام معظم رهبری
سال ۱۳۷۶: رياست جمهوری اسلامی ايران (دوره اول)
سال ۱۳۸٠: رياست جمهوری اسلامی ايران (دوره دوم)